דו"ח חדש של משרד החוץ האמריקני על חופש דת בעולם מעניק לישראל ציון "בלתי מספיק" בכל הקשור לסובלנות דתית. זאת על רקע מה שמוגדר כ"הרדיפות החוזרות והנשנות של הארגון החרדי יד לאחים, שאינן זוכות לשום גינוי ואף מקבלות עידוד ממשלתי". להערכת גורמים ב'יד לאחים' הגדרה זו מקורה בלחצים שהפעילו ארגוני מיסיון במסדרונות הממשל האמריקאי.
הדו"ח המפורט של מזכירות הממשל של ארצות הברית בנושא חופש הדת בישראל מדווח על פעילות הארגון שבידו עלה למנוע מפעילי מיסיון לשכנע 174 יהודים להמיר את דתם. הדו"ח מספר כי "המחלקה החשאית למחצה של הארגון, המרוכזת בידי הרב אלכס ארטובסקי, מפעילה עשרות מוסרי מידע ומסתננים בממשלה, בקהילות נוצריות ובקרב היהודים המשיחיים, אשר אפשר לארגון להביא לסגירת 18 מקומות מפגש מיסיונריים ולגרש 12 מיסיונרים בכירים מישראל, במרוצת שנת 2008".
הדו"ח מדווח על פגיעתם של עורכי הדין של 'המכון הירושלמי לצדק' ונציגי הקהילות המיסיונריות מפעילות 'יד לאחים ש"הצליח בפעילויות מסוג זה על ידי הפעלת לחצים על בעלי דירות, מעסיקים ופקידים במשרד הפנים לתמוך במסעם נגד קבוצות אשר נראו בעיניו ככתות מסוכנות".
בנוסף קובע הדוח האמריקני כי "מספרם של היהודים המשיחיים ונוצרים אוונגליסטים עלה בשנים האחרונות, גם באמצעות עלייה וגם באמצעות המרות דת. אולם בתקופה המדווחת, הריבוי בדיווחים לעיתונות ותלונות מצד פעילי חופש הדת, מצביעים על ריבוי בהתאם של פעילות יד לאחים, ובעקבותיה הסתייגות גוברת מנוכחותם של נוצרים אוונגליסטים וקהילות של יהודים משיחיים ונגד מיסיונרים החיים בקהילות יהודיות".
ב'יד לאחים' נראה כי מתייחסים לדו"ח כלא מטריד במיוחד ואף כעדות לפעילות הראויה לגאווה. יו"ר הארגון, הרב שלום דב ליפשיץ, מגיב על פרטי הדוח ואומר כי "מדהים להיווכח שרשויות החוק בארה"ב מאמצות לחלוטין את הגרסה המיסיונרית ומזדהות עמה לחלוטין. הניסיון האופייני למיסיונרים לאחז עיניים שעה שהם ממשיכים במסע ציד הנפשות שלהם, מבלי להרפות בו – לא יצלח".