בארגון ישיבות ההסדר דוחים את ההתקפה על הישיבות שבהן למדו מניפי השלטים נגד פינוי יישובים. 

דובר איגוד ישיבות ההסדר הרב דוד סתו אומר לערוץ 7 כי על אותם חיילים שהניפו שלטים להיענש אך אין מקום לפגוע בישיבות ההסדר, "אנחנו שומעים קולות גם בצבא של כאלה שקוראים לסגור ישיבות שראשיהם תומכים בסירוב, או שחיילי גדוד נחשון באו משורותיהם והייתה מחשבה שצריך לסגור אותם. אני זוכר שהרמטכ"ל הקודם דן חלוץ גם רצה לסגור בעבר מספר ישיבות. אז אני רוצה לומר שאנחנו לא נמצאים בעמדה של מתנצלים אבל בהחלט אנחנו חושבים שאותם חיילים עשו מעשה שלא יעשה, לא ייתכן שאנחנו נקיים הסדר עם הצבא ומצד שני יהיו חיילים שיעשו מחאה פוליטית בתוך הצבא". 

לדבריו פעילות פוליטית אסורה בצבא בין אם אתה מסכים לפקודות ובין אם לאו, "גם אם כאזרחים אנחנו חושבים שאין מקום לערב את הצבא בפינוי ישובים, הרי שאין מקום לתופעה של חיילים שעושים הפגנות. גם אותם רבנים שחושבים שצריך לסרב פקודה לפינוי יישובים, הם מודים שאסור להביע עמדות פוליטיות בצורה של הנפת שלטים בתוך הצבא, סירוב פקודה הוא אפשרות פעולה סבירה אולי מבחינתם אבל לא הנפת שלטים". 

הוא דוחה על הסף את הטענות שיש עליהום על חיילי ישיבות ההסדר, "אין כאן שום עליהום, יש כאן משהו תקשורתי שהצטלם בכלי התקשורת, כפי שהיה לפני מספר שבועות בטקס בכותל המערבי כשחיילים הניפו שלטים. לא יכול להיות שחייל בצבא יעשה הפגנות, גם אם יצויר שמדובר בפקודה בלתי חוקית שתחייב חייל לחלל שבת, אז גם אם הוא מסרב פקודה אסור לו לעשות הפגנות. החבר'ה שהניפו שלטים הכתימו ציבור שלם". 

הרב סתו אומר כי השאלה אודות השתתפות של חיילים בפינוי יישובים היא שאלה מורכבת, "יש ויכוח לגבי שאלת הסירוב לכשיהיה פינוי, אבל צריך לזכור שבמקרה הזה החיילים לא נדרשו לפנות את היישוב נגוהות, הם היו אמורים להיות במעגל השני. בכל מקרה גם אם החייל חושב שצריך לסרב פקודה זאת אפשרות סבירה אבל להפגין אסור". 

הוא קורא לכל החיילים לחשוב פעמיים לפני שהם מסרבים פקודה, "אם חייל נדרש לפנות יישוב והוא חושב שזה נגד ההלכה ואסור לפנות, אז הוא צריך לזכור שמי שעושה את העבירה זה לא הוא אלא הממשלה שהחליטה על הפינוי. האם זה נכון שהצבא יעסוק בפינויים זו כבר שאלה שצריך לדון בה, אבל גם פה אנחנו צריכים לשקול מה האלטרנטיבה שהמשטרה תעשה את זה, שהיס"מניקים יפנו, הם הרי הרבה יותר קשוחים ואני לא בטוח שעדיף שהשוטרים יפנו ולא הצבא".