העותרים תובעים לבטל את הצו מכיון שהוא פוגע בזכויות היסוד של האזרח, בחוק יסוד כבוד האדם וחירותו ובחוק יסוד חופש העיסוק וכן בשל העובדה כי הצו לא פורסם ברשומות.
הנפגעים טוענים כי לא ניתנה להם זכות השימוע לפני הוצאת הצו הפוגע בזכויותיהם באופן קיצוני. הם תובעים כי במקרה הקיצוני, יוצא צו חדש רק לאחר שיינתן להם זמן התארגנות מינימאלי והזדמנות נאותה להקטנת נזקם כבעלי מגרשים שבנייתם נעצרה וכן נזק לקבלנים וספקים הקשורים איתם בחוזים.
העותרים הם אלעז וורד שפירא מאלקנה, רועי וזהבה טמיר מקדומים, משפ' אייזקס משערי תקווה ומשפ' מדמון מקדומים.
הם תובעים מראש הממשלה, שר הביטחון ומפקד כוחות צה"ל באיו"ש, האלוף אבי מזרחי לעכב את יישום הצו עד לקביעת מנגנון פיצוי בגין הנזקים, הישירים והעקיפים, שייגרמו בגינו – כולל הקמה בפועל של ועדת התובענות הקבועה בצו, קביעת הקריטריונים לפיצוי בועדת התובענות ודרך הדיון בה, הסמכת ועדת התובענות לדון אף בנזקים עקיפים שייגרמו לנפגעים מהצו, קביעת ערכאת ערעור שיפוטית על וועדת התובענות בבית המשפט מוסמך שייקבע לכך וכן לתקצוב מיוחד של הפיצויים. עוד תובעים העותרים להמנע משימוש בחיילי צה"ל לאכיפת הצו.
משפחת שפירא רכשה בחודש אוקטובר 2007, מגרש לבנייה בשכונה הצפונית באלקנה, במכרז שפורסם על ידי המינהל. ובידה היתר בנייה חתום על ידי הועדה המקומית של המועצה המקומית אלקנה וע"י המינהל מחודש אוקטובר 2009. היא חתמה הסכם עם קבלן בניין לבניית בית על המגרש והשבוע פקחים מטעם המינהל האזרחי עצרו את עבודות הבנייה לסלק את כלי העבודה והפועלים מהמגרש. הם פנו למינהל האזרחי ונידחו בפני וועדה והופנו ל"ועדת חריגים" שככל הנראה אינה קיימת עדיין.
משפחת טמיר פונתה מגוש קטיף לפני כארבע שנים ומתגוררת בשכירות בקרואן קטן (כ-50 מ"ר) בישוב קדומים. הם רכשו לפני כשנתיים מגרש בישוב קדומים על מנת לבנות עליו את בית הקבע שלהם ושכרו אדריכל ומהנדס בניין, הם קיבלו לפני כשלושה חודשים היתר בנייה מהמועצה בישוב קדומים. טמיר שמנהל בעצמו את הבנייה, הפחית את עבודתו הקודמת לחצי משרה על מנת שיוכל לנהל כראוי את הבנייה. הם חתמו הסכם עם קבלן ולקחו משכנתא אותה הם משלמים מדי חודש.
למשפחת אייזקס מגרש לבנייה בישוב עץ אפרים, ולמשפחת מדמון שרכשה מגרש באלקנה 5 ילדים והם צריכים לעזוב את דירתם השכורה בעוד שנה כיון שהיא נמכרה.
עו"ד מוטי מינצר מהפורום המשפטי למען ארץ ישראל תבע מבג"צ להוציא צו ביניים העוצר את יישום הצו עד לדיון בעתירה.