שר הפנים, אלי ישי, העביר לשר הביטחון, אהוד ברק, מכתב בעקבות משבר האמון בין ישיבות ההסדר לצה"ל, "אני מבקש לפנות אליך בשם הצורך החיוני במעלתו לשמור ולשמר את המרקם החברתי העדין במדינת ישראל . דאגה רבה מקוננת בי בימים האחרונים לאור משבר האמון שנתגלה בין צה"ל לבין ישיבות ההסדר. תכלית פנייתי הוא הרצון למנוע ניתוק מסוג כלשהוא בין צה"ל לבין חיילי ישיבות ההסדר", כתב השר ישי לברק.
"מיותר יהיה לציין בפניך את היות חיילי ההסדר והמכינות הקדם צבאיות מעטרים את כל שדרות הלחימה הצהליות, ונחלצים כל העת חושים לכל קריאה צבאית ולכל משימה ללא שאלה, וכל זאת בגיבוי רבניהם וע"פ הדרכתם הרוחנית. ראינו רק לאחרונה במלחמת לבנון השנייה ובמבצע "עופרת יצוקה" את דבקותם במשימות הלחימה , נדהמנו לראות חיילים שיצאו מחופותיהם ממש , ודאב לבנו עם משפחות החללים ועוצמתם, שהפכו לבן רגע לחלק ממשפחת השכול", כתב ישי.
"אסיים ואומר כי המשימה של כולנו כשליחי ציבור ושלך, כמי שעומד בראש מערכת הביטחון, היא לא לגדוע את הגשר לציבור חיילים איכותי שכל שאיפתו להמשיך ולתרום למדינת ישראל, ולפעול לצמצום כל מחלוקת בדרך של הידברות ושיח בין נציגי צה"ל ונציגות הרבנים".