הרב יעקב מדן, מראשי ישיבת הר עציון, מתנגד להשוואה בין אמירות של רבנים שאומרים את דבריהם עם המון אחריות וזהירות לבין אמירות של הסתה פרועה נגד מדינת ישראל שיש מדי יום באוניברסיטאות.
בראיון לערוץ 7 בעקבות הזמנת הרב אליעזר מלמד אל שר הביטחון, אמר הרב מדן, כי "אני מכיר היטב ומוקיר מאוד את הרב אליעזר מלמד שליט''א. לא קראתי את דבריו, אך הוא מוחזק אצלי כתלמיד חכם גדול, נאמן רוח ואמיץ לב. אומנם על דעות רבות שהוא משמיע אני חולק מכל וכל".
"להשוות את הרב מלמד למרצים האנטי ציוניים באוניברסיטאות, ובעיקר בתל אביב ובבאר שבע, היא עלבון. מרצים אלו אומרים ללא בושה דברים קשים מאוד בגנותו של צה''ל ובגנותה של המדינה, ודברים אלו משמשים כלי בידי שונאינו בחו''ל", מוסיף הרב מדן.
לדבריו, "העובדה שהמדינה מממנת את משכורותיהם מכספה על ידי תמיכתה באותן אוניברסיטאות היא שערורייה. רבים מן המרצים עושים זאת כדי לישר קו עם דרישותיהם של מוסדות מחקר אנטי ישראליים באירופה, ובעיקר בבריטניה, וכדי שיוכלו לזכות שם להטבות שונות. אי אפשר לממנם, ולתת להם ליהנות מכל העולמות. צה''ל חייב להפסיק לשלוח את קציניו להשתלמות באותן אוניברסיטאות, וישנן אחרות (כמו אוניברסיטת בר אילן) העומדות בכך בקריטריונים ראויים. הרב מלמד לעומתם, מבטא את דעתו במחלוקת אחת עם צה''ל על מספר פרטים בתחום אחד, ותו לא! אסור לנו לומר, שהואיל ולמרצים מותר גם לו מותר. להם אסור, ולצה''ל אסור לשתוק על כך, ועלינו להיאבק על כך".
הרב מדן סבור, כי ראשי ישיבת ההסדר צריכים ליהנות מחופש דיבור עם סייגים מסוימים, "לגופו של חופש הדיבור של ראשי ישיבות הסדר: אל לנו לשכוח, שתלמידי ישיבותינו הם חיילים בשל''ת גם בעת לימודיהם בישיבה, וזה מחייב אותנו כלפי הצבא. אין כל צורך שנשתוק ולא נביע את דעתנו ואת מחאותינו כלפי מעשי הרשעה של גרירת אנשים ומשפחות מבתיהם והחרבתם, אך מעשים בזויים ומרושעים אלו נעשים היום בידי המשטרה, והצבא בדרך כלל, ואולי תמיד, רק מאבטח את ההרס, גם מפני פיגוע עוין, וזה תפקידו, כן. בתור דוגמא אומר שאם הצבא אינו יכול לסלק מפגיני שמאל פרובוקטיביים המשתלחים בשדות המתיישבים, עליו לאבטח גם אותם מפני פיגוע, וכן כמובן, את כל המפגינים אוהבי הארץ. לעומת זאת, חופש הדיבור של ראש ישיבת הסדר בעיתונו, ושלא כלפי תלמידי ישיבתו, רב יותר. אך גם כאן הייתי מציע להיזהר, ולבטא דברים בצורה ראויה, שלא תצית אש של מחלוקת. אני מכבד מאוד את שיקול דעתו של הרב מלמד בכך, גם אם אני חולק עליו".
הרב מדן משוכנע שניתן לגשר בין הפערים, "אני משוכנע, שאם נסיר אווירה של חשד ושל מחלוקת, יתברר, שהמחלוקת בינינו לבין צה''ל לגבי מסגרת ההתבטאות אינה מחלוקת גדולה. ואין צורך, ששום צד יעלה בה על בריקדות. ניתן להגיע להסכם ולמסגרת ברורים ולאווירה טובה, ולא בשמים היא! המשותף בינינו ובין צה''ל גדול מכדי לנסות להרוס אותו".