שרים וח"כים תקפו בחריפות את שר הבטחון, אהוד ברק, על הפרסומים לפיהם הוא שוקל לסגור את ישיבת ההסדר הר ברכה. יו"ר הקואליציה ח"כ זאב אלקין אמר כי "ישיבות ההסדרהפכו לחוט השדרה של צה"ל ולאחד המפעלים היפים של מערכת החינוך הישראלית. לא ניתן לאף אחד לפגוע במפעל זה. מי שבא באיומים ובאולטימטומים מול ראשי הישיבות מוזמן קודם לטפל בתמיכה בסרבנות באוניברסיטאות ובמכללות".
ח"כ ציון פיניאן (ליכוד), המשמש בתפקיד מרכז הקואליציה בועדת הכספים ונחשב לאחד ממקורבי רוה"מ נתניהו, התבטא אף הוא בחריפות בנושא: "לא ניתן שיסתמו פיות רק למגזר אחד ולמגזר שני יאפשרו חופש ביטוי גם ברמות של פגיעה במדינה.
בעקרון אני נגד סרבנות, אבל לא יעלה על הדעת ששר הבטחון יפגע באנשים שנאמנים ביותר לבטחון המדינה כמו ישיבות ההסדר שמוציאות חיילים לתפארת מדינת ישראל ובטחון המדינה. אם יש מחלוקת עם רבנים כדאי ורצוי לפתור אותה בדרכי נועם ובשלום" - אמר ח"כ פיניאן.
ח"כ דני דנון חבר ועדת החוץ והבטחון תקף את התנהלות שר הבטחון "ברק עורך ציד מכשפות ושוכח שמוסדות אלו מגדלים את מיטב הלוחמים והמפקדים של כוחות הבטחון. ברק מתבלבל בתפקידו. במקום לטפל בחיזבאללה ובחמאס הוא בוחר להלחם בהנהגת המתיישבים הציונים ביו"ש".
כזכור, שר המדע והטכנולוגיה דניאל הרשקוביץ פנה במכתב בהול לשר הבטחון אהוד ברק ומחה על הפרסומים "דווקא כמי שמתנגד בתוקף לסרבנות וחולק על עמדתו של הרב מלמד בנושא זה, אני סבור כי סגירת ישיבת הסדר עלולה דווקא ללבות תופעה מסוכנת זו ולהמיט אסון על צה"ל ומדינת ישראל. קיים חשש כי יהיו מי שיראו בפעולה זו קריאת תגר, והדבר דווקא ידרבן אותם לתמוך בעמדות סרבניות".
עוד ציין השר הרשקוביץ כי "ישיבת הסדר אינה ישיבה גבוהה, ויש לה חיבור מיוחד עם צה"ל, אך גם בתחנה הצבאית, גלי צה"ל, עלו לא פעם מרואיינים שונים התומכים בסרבנות משמאל ואף פעילי חמאס, ואיש לא העלה בדעתו לסגור את התחנה על רקע זה".
גם סגן ראש הממשלה ושר הפנים אלי ישי שלח מכתב לשר הבטחון, בו כתב בין השאר: "אני מבקש לפנות אליך בשם הצורך החיוני במעלתו לשמור ולשמר את המרקם החברתי העדין במדינת ישראל . דאגה רבה מקוננת בי בימים האחרונים לאור משבר האמון שנתגלה בין צה"ל לבין ישיבות ההסדר. תכלית פנייתי הוא הרצון למנוע ניתוק מסוג כלשהוא בין צה"ל לבין חיילי ישיבות ההסדר... המשימה של כולנו כשליחי ציבור ושלך, כמי שעומד בראש מערכת הביטחון, היא לא לגדוע את הגשר לציבור חיילים איכותי שכל שאיפתו להמשיך ולתרום למדינת ישראל, ולפעול לצמצום כל מחלוקת בדרך של הידברות ושיח בין נציגי צה"ל ונציגות הרבנים".