בצעד חסר תקדים, החליט שר הביטחון, אהוד ברק, על הוצאתה של ישיבת "הר ברכה" מההסדר המתקיים בין צה"ל לישיבה והנחה את צה"ל לפעול להוצאת הישיבה מההסדר כאמור, תוך פרק זמן סביר שיאפשר לתלמידי "הר ברכה" לבחור ולהשתלב במסגרת ישיבת הסדר אחרת.
מלשכת שר הביטחון נמסר כי ההחלטה התקבלה לאור המלצת הרמטכ"ל וצה"ל, פגישת שר הביטחון עם ועד רבני ישיבות ההסדר ולאחר שבחן את מכלול השיקולים וההיבטים בנושא.
שר הביטחון ברק, רואה בחומרה רבה כל תופעה של סרבנות ואינו מוכן לקבל כל סטייה ממה שמוגדר על ידו כקו אדום, לשון הודעת משרד הביטחון.
שר הביטחון קובע כי "מעשיו ודבריו של הרב מלמד מערערים את יסודות הדמוקרטיה הישראלית, הם שעודדו והסיתו חלק מתלמידיו לסרבנות, להפגנות ולפגיעה ברוח צה"ל ואין להם מקום במדינה מתוקנת. יש להקפיד ולשמור את צה"ל מחוץ לויכוח הפוליטי", נמסר.
איגוד ישיבות ההסדר הבהיר הערב כי ההחלטה התקבלה בניגוד לעמדתו, "איגוד ישיבות ההסדר מצר על החלטתו הקשה והחמורה של שר הביטחון לבטל את ההסדר עם ישיבת הר ברכה. ההחלטה התקבלה בניגוד לעמדת הנהלת ראשי ישיבות ההסדר, שהביעו את עמדתם בפני שר הבטחון בפגישתם בשבוע שעבר. ההחלטה מהווה תקדים חמור של פגיעה בישיבה הזכאית ליהנות מחופש אקדמי ותורני. ראשי ישיבות ההסדר יתכנסו בימים הקרובים לדיון חירום, בכדי להחליט על דרכי הפעולה במטרה לשנות את ההחלטה ולהחזיר את המצב לקדמותו", נכתב בהודעת הארגון.
מוקדם יותר דווח כי ראש ישיבת ההסדר בהר ברכה, הרב אליעזר מלמד, לא יגיע לשימוע אצל שר הביטחון. מקורבי הרב מסרו לערוץ 7 כי "ברק שכח שראשי הישיבות לא עובדים אצלו. שר הביטחון מתייחס בסגנון לא ראוי, קובע עובדות בשטח ומנסה לדבר עם הרב דרך אמצעי התקשורת. מאחר וזו התנהלותו של שר הביטחון הרב לא יגיע לשימוע".