רבה של צפת, הרב שמואל אליהו, הודיע בעקבות החלטת שר הביטחון על הוצאת ישיבת הר ברכה מההסדר כי הוא יוזם כינוס דחוף של מועצת הרבנות הראשית וכי בכוונתו לגייס את כל הרבנים בארץ כנגד הכוונה של ברק להתערב בעצמאות של הישיבות.
"גדולי ישראל בדורות עברו מסרו את נפשם על מנת לשמור על החופש של פוסקי ההלכה. אנו מצפים מהרבנות הראשית לקרוא לכל הרבנים ללא הבדל לעמוד חזית אחת מול הכוונות של שר הביטחון", נמסר מהרב אליהו.
באיגוד ישיבות ההסדר חוששים כי החלטת שר הביטחון תעלה כמות הסרבנים במקרה של פינוי יהודים. באיגוד מערכים כי צעירים רבים אף ידחו את שרותם הצבאי וישתלבו בישובות גבוהות. "ישיבת הר ברכה רק תתחזק מהפרשה", אמר אחד הרבנים לערוץ 7.
מאז הפכה למוקד הסערה והמשבר שבין ישיבות ההסדר והצבא, שולשה ההתעניינות של תלמידים פוטנציאליים בישיבת ההסדר בהר ברכה. כך דיווח בשבוע שעבר העיתון "הארץ".