שר הביטחון לשעבר פרופ' משה ארנס אומר בראיון לערוץ 7 כי שר הביטחון אהוד ברק עשה טעות גדולה שהחליט לסגור את ישיבת הר ברכה, "ההסדר עם ישיבות ההסדר מרחיב את מעגל המתגייסים לצה"ל, היום יש לא מעט בני נוער שלא משרתים בצבא, בהוצאת ישיבת ההסדר הר ברכה הוא מסתכן שבמקום להרחיב הוא רק יצמצם את ההתגייסות לצבא".
לדבריו אסור לערב צבא שחייליו משרתים שרות חובה במשימות אזרחיות, "זה בדיוק הרקע לכל הפרשה, כל הנושא הזה של גיוס חובה זו תופעה נדירה מאוד בעולם הדמוקרטי, אנשים מקדישים שלוש שנים מחייהם אבל גיוס חובה הוא רק עבור משימות שקשורות להגנת המדינה, צריך להקפיד שהצבא לא יעסוק במשימות פוליטיות".
פרופ' ארנס סבור שהרקע לפרשה הוא די ברור, "בהתנתקות היה שימוש בצבא כנגד אזרחי מדינת ישראל, ומדובר באזרחים שלא הפרו כל חוק, זה לא תפקיד של הצבא, היום לאחר מעשה ידוע שרוב הציבור התנגד להתנתקות, מי שצריך לעשות משימות אזרחיות זו המשטרה והממשלה יכולה להפעיל את המשטרה".
הוא קורא לשר הביטחון לפתוח בהידברות עם הרב מלמד, "צריך למצוא פתרון שלא יסכן את ישיבות ההסדר. יש מספיק אנשים שסבורים שאסור לצבא להיות מעורב במשימות אזרחיות, גם הרמטכ"ל אמר את זה לא פעם, אם אכן הדברים ימנעו מעתה ואילך אז הבעיה תעלם וכל מה שקרה יהפוך לסערה בכוס תה".