השר לשעבר הרב יצחק לוי אומר בראיון לערוץ 7 כי המשבר בין שר הביטחון לישיבת הר ברכה הוא רק אות וסימן לבאות, "אני צופה שבתקופה הקרובה נהיה עדים לבירור מעמיק שנצטרך לעבור אותו, הבירור יתמקד במתח שנוצר בין ההלכה לדמוקרטיה והמתח הזה חייב להתברר".
לדבריו על ראשי הישיבות ליישר קו, "ראשי ישיבות ההסדר צריכים קודם כל לברר בינם לבין עצמם מה צריכה להיות המדיניות ואז ללכת ולדבר עם אנשי משרד הביטחון". הוא משוכנע שהגיע הזמן בעת הזאת לצאת אל העם ולנסות ולהשפיע, "אנחנו זוכרים את האמירה של שר המשפטים נאמן על הצורך בעשיית דין תורה, החילונים התקוממו, הגיע הזמן להסביר להם שדעת תורה זה לא חוקי חניבעל, שעין תחת עין זה לא באמת עין תחת עין כפשוטו. צריך לעשות בירור ולצאת אל העם עם מסר ברור".
אין לו ספק ששר הביטחון טיפס על עץ גבוה, "יש מחלוקת מהי טובת הכלל, האם הכלל זה מה ששר הביטחון קבע או שאנחנו צריכים לאפשר את חופש הביטוי, נקלענו למצב לא נעים, אבל שר הביטחון לא יכול לסתום פיות של רבנים, כששר הביטחון החליט מה שהחליט הוא גרם לסגירת ישיבת הסדר, זאת לא דרך, אם הוא חושב שהרב טעה שיפנה לרב ויברר, אבל מדוע לפגוע בתלמידים".
הרב לוי טוען כי העובדה שלראש ישיבה יש השפעה על תלמידיו לא צריכה למנוע ממנו לדבר, "צריך להפריד בין הרב לתלמידים, גם עיתונאי או תכנית טלוויזיה משפיעים על מיליוני אנשים בדעה כזאת או בדעה אחרת, זה שראש ישיבה גם משפיע על תלמידים לא צריכה להוסיף או לגרוע מזכויותיו של הרב".