הרב הראשי לישראל, הרב יונה מצגר, התייחס בערוץ 7 לביטול ההסדר עם ישיבת הר ברכה ואמר כי יש לפעול למציאת פשרה בנושא על מנת שלא לפגוע באחדות השורות בצבא.
"אני מבין את ההתלבטות והדילמה הקיימת בין גבהות התורה מול פקודות צה"ל, גם בחוקי מטכ"ל שבן גוריון ביקש בזמנו לחוקק את החוקים לצה"ל הוא הבין שיש דילמה בנושאים רבים בקשר להתנהגותו של חייל דתי בצבא", אמר הרב מצגר והסביר כי "יש ענין של שמירת שבת, אכילה ביום כיפור או בתענית בכל מצוות התורה אם זה מתנגש עם הרואת המפקד. למשל אם מפקד יורה לאדם לאכול ביום הכיפורים בו בזמן שאין סיבה לכך מכיוון שזו לא מלחמה ולא פיקוח נפש ולא שעת חיורום ולא מבצע צבאי מיוחד אז מבינים גם בצה"ל שהחייל רשאי לבוא ולסרב פקודה".
"נכון שיש דברים שטוב היה למצוא איזושהי נוסחה במגמה לאחד את שורות הצבא. אסור לגרום לכך שצה"ל ועם ישראל יפסידו את תרומתם הנפלאה של גיבורי חיילי ישיבות ההסדר שהם באמביציה שלהם ובמוטיבציה שלהם ובאידיאליזם שלהם הם ממש מגיבורי צבא הגנה לישראל", אמר הרב.
על מציאת פשרה בנושא אמר הרב, "פניתי אתמול בערב לשר הביטחון בדבר הקמת ועדה ציבורית שהיא תוכל לבוא ולמצוא הגדרות תואמות כדי לאחד את השורות בצבא, נציג אחד יהיה מטעם משרד הביטחון ואחד מישיבות ההסדר והמפשר ביניהם יהיה מהרבנות הראשית לישראל שהיא רבנות ממלכתית הדואגת לתפר העדין בין דת ומדינה, תקוותי שבדרך זו נוכל למצוא גשר הולם ולהוריד את כולם מן העץ".
לסיום אמר, "אנו יודעים שיש לנו את חוקי הקב"ה, גם כשהיינו אצל הגויים וגם כשהיינו בכל מקום בעולם תורת ישראל היא זו ששמרה עלינו והיא החשובה מכולן. אם יש דילמות שחייל צריך להפוך להיות שוטר ולא לוחם אז אפשר להגיע לנוסחה שתהיה מקובלת על שר הביטחון ועל ישיבות ההסדר כדי שנוכל להמשיך את ההסדר התורם לעם ישראל כולו בצורה הטובה ביותר לביטחון המדינה".