שר הביטחון, אהוד ברק, התייחס הבוקר (שלישי) לסוגיית "הר ברכה" במהלך ביקור עבודה בעיר ראשון לציון, במהלך ביקורו בבית ספר מקיף י' בראשון לציון התבקש ברק ע"י אחד התלמידים להתייחס להחלטתו לנתק את ישיבת הר ברכה מההסדר עם משרד הביטחון.
"לאחר שני מקרים של ניסיון להפגין בצבא הסתבר שישנה ישיבה, שהעומד בראשה, מטיף לסרבנות באופן גלוי, ולא מוכן לגנות פעולות הפגנה בצה"ל", אמר ברק. "ביסוד של מדינה דמוקרטית יש מונופול על השימוש בכוח מצד אחד ויש סמכות של המדינה על האזרחים מצד שני. האזרחים מבטאים את עמדתם בפעילות פוליטית ובשלשול הפתק לתיבת ההצבעה. יש למדינה צבא והצבא מסור למרות המדינה ואך ורק למרותה", אמר.
"חיילים מבצעים כל פקודה של מפקדיהם, אלא אם היא בלתי חוקית בעליל. לחיילים יש מפקד אחד, ומי שנותן פקודות לחיילים זה לא המורה בבי"ס, לא המרצה באוניברסיטה ולא הרב מהישיבה, וכמו שאמרתי לקיבוצניקים, גם לא המרכז משק שלהם. מי שנותן פקודה לחיילים זה המפקדים שלהם, ואין מקור נוסף לפקודות לחיילים ולא ייתכן מקור נוסף. חיילים הם גם אזרחים, והחייל יכול לבטא את עמדתו ואת השקפת עולמו כאזרח. לא רק שיש לו זכות להביע את השקפת עולמו, יש לו גם חובה אזרחית להשתתף, כל אחד לפי דעתו. אבל, ברגע שהוא במדים, אין שום הפגנה עם אופי פוליטי, אין שום אפשרות להכניס את המערכת הפוליטית לתוך הצבא".
"צבא והפגנות וסרבנות לא עובדים ביחד ואנחנו לא מתכוונים לקבל את זה. הבהירות הזאת חייבת לשרור בכל מקומותינו. אחרי שלמדתי את המקרה ועיינתי בהמלצות של ראשי צה"ל, הגעתי למסקנה שהדרך הנכונה היא להפסיק את ההסדר הזה עם הישיבה המסוימת הזאת. אל תטעו, בני ישיבות ההסדר, הם טובי החיילים של צה"ל, בכל היחידות לאורך עשרות שנים והם גרעין חשוב מאוד אחר כך במילואים. אלו אנשים מצוינים, אך עם זאת, כמו שלא צריך להכליל, לא צריך לעצום את העיניים במקום שיש התנהגות לא ראויה ולא נכונה. ולכן, ההסדר עם הישיבה הזאת מופסק. כל יתר הישיבות מקודמות בברכה", אמר ברק.
"שוחחתי עם ראשי ועד איחוד ישיבות ההסדר, ואני נמצא איתם בקשר. למרות שאני לא חובש כיפה ובן תורה אני נותן כבוד למסורת ישראל., ושמה נאמר כי מותר שיהיו מחלוקות, צריך שיהיו מחלוקת, ומחלוקת שהיא לשם שמים סופה שהיא תתקיים, אך בסופו של דבר צבא בנוי על כך שהמחלוקות ינוהלו בחוץ ובתוך הצבא צריך לבצע את הפקודות. חייל שהוא חבר בתנועה שמאלנית שמתנגדת לכל מה שקורה באיו"ש, אני מצפה ממנו כשהוא במדים, שהוא יאבטח בכל המסירות ויסכן את החיים שלו כשצריך, כדי להבטיח את מי שגר שם. כל עוד מדינת ישראל לא הורתה להם לעזוב, כל זמן שישראלי נמצא בכל מקום שהוא, חובה על צה"ל להגן עליו, גם אם החייל שמבצע את המשימה שייך לשמאל העמוק בהשקפתו. באופן דומה, גם חייל שבהשקפת עולמו שייך לימין, כאשר הצבא נדרש לפעולה שנראית לו שהיא סותרת את השקפת עולמו, הוא צריך לבצע אותה. זה הייסוד של צבא", הדגיש ברק.
ברק רמז כי חיילי צה"ל ימשיכו לפנות מאחזים, "אנחנו שמחים שמשטרת ישראל מקיימת את האכיפה ושומרת על מרות הממשלה על אזרחים, גם בהקשר של צו ההשהיה של בניה חדשה. אנחנו לא חותרים בכוונה להביא חיילים למקומות שבהם נאכף החוק על אזרחים. שאל נתבלבל, אנחנו לא המדינה היחידה בעולם שבו צבא נדרש לבצע משימות אזרחיות. כאשר מדינה מגיעה למקום שצריך לאכוף חוק על אזרחים, אין לה ברירה אלא להפעיל את צבאה, גם את ההוראה הזאת צריך לבצע ולכבד, זה היסוד האמיתי של הדמוקרטיה."