שר הביטחון, אהוד ברק, התייחס הבוקר (שני) בישיבת ועדת חוץ וביטחון לסוגיית המשבר עם ישיבות ההסדר ואמר כי "אין עוררין לתרומה החשובה של ישיבות הסדר לצהל".
לדבריו, "במשך עשרות שנים, חיילי ישבות ההסדר משרתים ביחידות שדה מובילות ותורמים תרומה ממשית. יחד עם זאת, אסור לצה"ל ולמדינה לאפשר הפגנות בתוך צה"ל – אי אפשר לקבל זאת ואנו פועלים לעקור זאת בכל הכוח".
הוא ציין כי "נערכו מספר אירועי הפגנות בצה"ל בהם חיילים נשפטו למאסר". עוד אמר כי "היו מספר גופנים קיקיונים שתמכו כספית לחיילים שנשפטו למאסר וכי נפתחה חקירה פלילית בהוראת היועמ"ש נגד גופים אלו".
ברק התייחס לרב אליעזר מלמד, ראש ישיבת הר ברכה ואמר "לאחר מספר התבטאויות של הרב , פנינו אליו כדי שיגנה את הסרבנות, והוא לא עשה זאת. הוא זומן לסגן השר ובחר שלא להגיב".
"קראתי את ספרו רביבים- יש שם עידוד בוטה לסרבנות, לא ראיתי דרך אלא לנתק את הישיבה מההסדר, ננקטו פעולות לחיילי הישיבה להיקלט לישיבות הסדר אחרות תוך 60 יום", הוסיף ברק.
בתגובה אמר ח"כ אלדד כי ברק הוא שקרן ומנסה לגרום למלחמת אזרחים.
שר הביטחון התייחס גם לאיומים הניצבים בפני ישראל ואמר כי "שנת 2009 היתה מהשנים השקטות ביותר בכל הגזרות. אנחנו נכנסים לשנת 2010 עם אפשרות שלמרות השקט, עלולה להיות פעילות אינטנסיבית. שנת 2010 היא שנה של איומים והזדמנויות".
לדבריו, "בגלל ההרתעה שנוצרה בשנת 2006 בלבנון ובשנת 2008-9 בעופרת יצוקה. ישראל היא חזקה ומרתיעה מאוד אך הנחת העבודה של כולם שעימות הוא אפשרי וכי אסור להתעלם מממשות האיום לצד השקט".
הוא ציין כי חיזבאללה חצה את סף 40,000 הרקטות מזמן, החמאס התעצם והאירנים יכולים להגיע עם טילים לישראל, "אירוע טרור גדול שלחלק מארגוני הטרור יש סיבות טובות ליזום אותו יכול להביא את השקט להתחלף בעימות כוחני עם חיזבאללה או חמאס", אמר.