משטרת ירושלים עצרה לחקירה את מרגל האטום, מרדכי ואנונו בחשד שנפגש עם אזרחים זרים ובכך הפר הוראה חוקית. ואנונו יובא הבוקר להארכת מעצר בבית משפט השלום בירושלים.
ואנונו שוחרר בשנת 2004 לאחר שריצה 18 שנות מאסר בישראל על הסגרת סודות האטום של ישראל לגורמים מחוץ למדינה. במהלך השנים מאז שוחרר הואשם פעמים רבות בהפרת תנאי שחרורו.
ביוני 2009 חתם שר הפנים, אלי ישי, חתם על הארכת צו איסור יציאתו מן הארץ של ואנונו, לשנה נוספת, עד ליום 1.6.2010 (יט' בסיוון התש"ע). שר הפנים שוכנע כי קיים חשש ממשי שיציאתו מן הארץ של מרדכי ואנונו עלולה לפגוע בביטחון המדינה ולאחר שבחן את כלל ההיבטים הודיע, כאמור, על הארכת צו איסור היציאה.
בשנת 2007 גזר בית משפט השלום בירושלים שישה חודשי מאסר בפועל ומאסר על תנאי לשלוש שנים על ואנונו בגין הפרת ההגבלות שהוטלו עליו. "נראה שהנאשם גילה זלזול מוחלט בצווי האלוף. 14 הפרות של צווי האלוף ועוד ניסיון להפר את הצו אינם עניין של מה בכך", כתב השופט יואל צור.
גם בשנת 2004, השנה בה שוחרר, הרשיע בית משפט השלום בירושלים את ואנונו, ב-10 עברות של הפרת צו אלוף פיקוד המרכז. הצו אסר עליו לקיים קשר עם עיתונאים, וכן יציאה מן הארץ לשטחים.