פרק מיוחד בדו"ח שלו מקדיש מבקר המדינה לפעילותה של קרן לב"י. המבקר בחן נורמות פעילות ואף את גיוסם של חיילים להתרמה עבור הקרן. מהדו"ח עולות לא מעט תהיות חמורות באשר להתנהלות הקרן.
המבקר קובע כי למרות דו"חות קודמים על התנהלותה הבעייתי של לב"י בחו"ל לא תוקנו הליקויים. מדובר בהערות שעסקו בפעילות שלא על פי דו"ח ורדי שקיבע את אופן התנהלותה של הקרן.
דו"ח ורדי שנקבע על ידי ועדה בראשותו האלוף (מיל') רפאל ורדי והוקמה עוד בימי יצחק רבין כראש ממשלה ועל ידו, של נקבעו, קובע בין היתר, כללים לפעילות קרן לב"י והאגודה למען החייל צרפת ובמדינות נוספות, וצוין בו, כי יש לקיים פעילות זו לפי הסדרי עבודה ברורים. בין השאר נקבע בדו"ח ש"שימוש בארגון צבאי כמנגנון לגיוס ואיסוף כספים יש בו פוטנציאל סיכון גבוה למעבר על רוח צה"ל ופקודות מטכ"ל". למרות קביעות אלה לא שונתה פעילות לב"י והאגודה למען החייל, שאגב הומלץ אפילו על איחודן וגם זה לא קרה.
"בביקורת הנוכחית עלה, כי עד אוגוסט 2009 לא באו על תיקונם חלק מהליקויים המרכזיים והיסודיים בנוגע לפעילות קרן לב"י בארץ ובחו"ל, כפי שהועלו בדוח ורדי, בדוח מבקר מערכת הביטחון, בטיוטת דוח הביניים של צוות נתיב ובדוחות קודמים של משרד מבקר המדינה", קובע המבקר המוסיף ומציין ש"בנוסף לכך, נמצאו ליקויים מהותיים נוספים המעידים על החרפה במצבה של קרן לב"י".
המבקר קובע כי למרות התפטרויות של בכירי הקרן לא מונו להם מחליפים, וכך עומדת הקרן ללא יו"ר קבוע ומפקד קבוע ליחידה הצבאית. כמו כן אין לקרן מבקר פנימי למרות חובתה כחלק מהאמור בחוק הביקורת הפנימית.
עוד קובע המבקר כי קיים נתק בין הוראות משרד הביטחון ופקודות צה"ל לבין האופן העצמאי בו פועלת הקרן שאינה חשה כפופה להנחיות ולפקודות. בהקשר זה תוהה המבקר כיצד זה "בפקודות צה"ל נקבע, כי ייעוד עמותת לב"י הוא לגייס תרומות לצה"ל, ואילו בתקנון עמותת לב"י נקבע, כי ייעוד העמותה הוא, בין היתר, לגייס תרומות עבור מערכת הביטחון". המבקר מבהיר בדו"ח שלמונח "מערכת הביטחון" אין הגדרה רשמית ומחייבת הקובעת אילו גופים נכללים במסגרתו, ולפיכך לא ניתן לדעת עבור אילו גופים אמורה העמותה לגייס כספים על פי תקנון העמותה.
בביקורת נמצא כי בפועל הופנו עיקר התרומות שגייסה עמותת לב"י לצה"ל, ובמקרים בודדים הופנו לגופים אחרים דוגמת משטרת ישראל.
המבקר מציין שבפקודות צה"ל נכללת מטרת "מחקר ופיתוח אמצעי לחימה" ברשימת המטרות שעבורן מגייסת קרן לב"י תרומות, ולמרות זאת מטרה זו נמחקה מתקנון עמותת לב"י.
ליקוי משמעותי נוסף מוצא המבקר באופן מעורבות חיילים בגיוס תרומות. הוא מציין שפקודות מטכ"ל אוסרות הפעלת קצינים בהתרמה ולמרות זאת קצינים עושים זאת. זאת למרות פנייתו של ממלא מקום מפקד היחידה הצבאית העוסקת בלב"י והצבת הנתונים בפני אנשי משרד הביטחון וראשי צה"ל. פנייה זו לא נענתה ולא ניתן לו פתרון כיצד לנהוג ואם לפעול בניגוד לפקודות מטכ"ל.
ולאן הכסף הולך? לא פשוט...
"כספים שנצברו בקרן לב"י הושקעו במשך השנים באמצעות האפוטרופוס הכללי בפיקדון נושא ריבית. ב-2005 הודיע האפוטרופוס הכללי למשהב"ט, כי הוא לא יאפשר לקרן לב"י להפקיד כספים נוספים לפיקדון שהוא מנהל. מאז אותו מועד, לא הושקעו כספים נוספים שאספה הקרן, וממילא לא נשאו ריבית. עד אוגוסט 2009, טרם בא על פתרונו נושא השקעת כספי העיזבונות והתרומות שקרן לב"י מגייסת", קובע המבקר.
עוד הוא מציין כי "הדוחות הכספיים של עמותת לב"י מצביעים על מגמת ירידה מתמשכת בהכנסות מתרומות בשנים 2004-2008. ירידה זו החריפה ב-2007 וב-2008 בהן ההכנסות היו כ-27 מיליון ש"ח וכ-23 מיליון ש"ח, בהתאמה, לעומת 2004, 2005, 2006 בהן ההכנסות היו כ-34 מיליון ש"ח, כ-33 מיליון ש"ח וכ-31.5 מיליון ש"ח, בהתאמה. נמצא שהעמותה לא ערכה עבודת מטה כדי לנתח ולבחון את הסיבות לירידה המתמשכת בהכנסות מתרומות, ולהמליץ על דרכי פעולה לשיפור גיוס תרומות מהציבור".
בסיכום דבריו קובע המבקר כי "ממצאי הביקורת מצביעים על ליקויים, מהם חמורים, במכלול פעילותה של קרן לב"י, שעיקרם: ירידה מתמשכת בשנים האחרונות בהכנסות מתרומות והיעדרו של ניתוח להבנת הגורמים לכך, אי-מינוי בעלי תפקידים מרכזיים, מעורבות חיילים בגיוס תרומות, חיכוכים קשים שהתגלעו בין אל"ח לבין קרן לב"י שהיה בהם כדי לפגוע בגיוס כספים בחו"ל ואי-הסדרת נושא השקעת כספי העיזבונות והתרומות שקרן לב"י מגייסת".
לדברי המבקר "המצב בו נמצאת קרן לב"י הוא מדאיג. בנסיבות אלה על משרד הביטחון, צה"ל וקרן לב"י לפעול בדחיפות ובאופן יסודי לתיקון הליקויים ולשיפור מצבה של קרן לב"י, כדי למנוע המשך הידרדרות ופגיעה בייעודה וביכולתה של קרן לב"י בתחום גיוס התרומות. כל אלה, בהתחשב גם במשמעות הערכית-לאומית הטמונה ביסוד ההתרמה עבור מערכת הביטחון".