מבקר המדינה מוצא "ליקויים משמעותיים בהתנהלות המטה הארצי ומג"ב הנוגעים לארגון ולתקינה של כוח אדם וציוד ביחידות מג"ב". לדבריו ליקויים אלה עשויים "לפגוע בבניין הכוח, בהפעלתן, ברמתן המקצועית ובכשירותן המבצעית של מסגרות ויחידות במג"ב".
מוסיף המבקר וקובע כי הפער הגדול שבין המצב הרצוי לצרכיו המבצעיים של משמר הגבול לבין המצב הקיים מרוקנים את הפקודות והנהלים שנקבעו מתוכן. "מציאות זו מתבטאת ב"אי-סדר ארגוני" בתחום זה, וגורמת לפגיעה בדפוסי המינהל התקין וביכולת הפיקוח והבקרה", קובע המבקר.
במהלך הביקורת מסרו גורמים שונים במג"ב ובמשטרה לעורכי הביקורת, כי צורת עבודה זו בתחום הארגון והתקינה, נובעת, בין היתר, כתוצאה מהתפתחות דינמית של הצרכים המבצעיים ומאילוצים תקציביים, ומאפשרת למג"ב גמישות ארגונית גבוהה, אשר מתבטאת, בין היתר, ביכולת להקים מערכים חדשים במהירות או להתאים מערכים קיימים למשימות חדשות ונוספות.
משרד מבקר המדינה מגיב לדברים ומעיר כי אמנם אין חולק בדבר חשיבותה של גמישות ארגונית ויכולת התאמה מהירה למצבים ודרישות מבצעיות משתנות, אולם "הגמישות אינה יכולה להיות גושפנקה לחוסר סדר בתחום הארגון והתקינה, והיא איננה באה להחליף את הצורך בסדר ארגוני המושתת על הוראות ופקודות ואמות מידה ידועות וברורות המשמשות בסיס למינהל תקין וליכולת מימוש של שינוי ארגוני מבוקר ונשלט".
עוד מציין המבקר בדבריו וקובע כי "מתגובות המשרד לבטחון פנים לממצאי הביקורת עולה בעיה משמעותית ביכולת הפיקוח שלו בתחום הארגון והתקינה על משטרת ישראל, שאמורה להיות כפופה לו". כיוון שכך הוא מוסיף וקובע כי "על המשרד לבטחון פנים לאכוף את הסמכויות המוקנות לו בנושא זה".
המבקר מותח ביקורת קשה על התופעה המתרחשת במשטרת ישראל ובמשמר הגבול, תופעה המכונה בארגון "פיקציות", כלומר קצינים ושוטרים רשומים ונושאים במינוי לתפקיד על פי התקן ביחידה אחת, אך מוצבים ומשרתים בפועל בתפקידים אחרים באותה יחידה או ביחידה אחרת. מסיף המבקר ומציין שהמשטרה טרם סיימה את הטיפול בתופעת ה"פיקציות" אף שהתחייבה לעשות זאת עד סוף שנת 2006.
לדבריו באופן כזה תפקידי מנהלה מאוישים על ידי בעלי תפקיד המתוקננים בתקן לחימה.
קובע המבקר כי ראוי "שהמטה הארצי ומג"ב יפעלו לשרש את תופעת ה"פיקציות" והשימוש ב"תקנים וירטואליים".
בבדיקתו מצא המבקר חריגות בתקני השוטרים והלוחמים במג"ב ובמשטרה. הוא מציין כי "בשנים 2006 ו-2007 היה מספר התקנים שאישר אגף התכנון כמענה לצרכים המבצעיים של כל יחידות משטרת ישראל ובכללן יחידות מג"ב גבוה מהשיא שאושר בתקציב באותן השנים בכ-1,100 תקנים". מוסיף המבקר ומגלה כי "תקנים עודפים אלה מכונים במשטרה "תקנים וירטואליים" ".
"קיום "תקנים וירטואליים" פוגע בבקרה ובפיקוח של גורמי המטה במשרד לבטחון פנים ובמשטרת ישראל על התאמת הצרכים לתקן. כפועל יוצא מכך, אין ודאות כי האיוש וחלוקת הציוד ליחידות מג"ב הוא מיטבי", קובע המבקר.
באשר לחריגות התקנים במשמר הגבול מצא המבקר כי ב-10 יחידות מג"ב הייתה מצבת שוטרי הקבע גדולה ב-10% ויותר מהתקן שנקבע. "תופעה זו בלטה במיוחד במטות מג"ב. בשמונה יחידות המוגדרות כיחידות מטה שירתו 331 שוטרי קבע לעומת 235 שוטרים שנקבעו בתקינה (חריגה של כ-41%)".
המבקר מצא גם ליקויים מבצעיים רבים וחוסר היערכות ראויה של הכוחות למשימות שלשמן יועדו. "הקצאת ימי המילואים לאימון המערך לא התאימה לדרישות המבצעיות של מפקדת מג"ב, ועקב כך נפגעה הכשרתו וכשירותו המבצעית; מג"ב לא תרגל את מערך המילואים בתרגילי גיוס ובתרגילים לחלוקת הציוד של פלוגות המילואים; כלי רכב, מכשירי קשר וציוד לחימה שהיו מיועדים למערך המילואים חולקו ליחידות אחרות במשטרה, מתוך כוונה לאוספם ולחלקם ליחידות המילואים בעת הצורך. מ"י לא תרגלה חלוקה זו, ואמצעים אלה לא סופקו בעת גיוס כוחות המילואים במבצע "כאור היום". נמצא גם, כי ציוד בסיסי רב היה חסר, וציוד אחר אוחסן במחסני מערך המילואים בצורה לקויה הפוגעת בכשירותו".
ומסתבר שהתנהלות הפוגעת במעמד העובד ניתן למצוא לא רק במפעלים בפריפריה אלא גם במשטרת ישראל, וכך כותב המבקר: "בחלק מהפלוגות לשיפור הביטחון האישי בערים מועסקים שוטרים במעמד של "שוטר מוסף זמני". משך העסקתם הוא שישה חודשים, והעסקתם ניתנת להארכה לתקופות נוספות של שישה חודשים לפי צורכי מ"י. לשוטרים אלה מעמד נחות ממעמדם של שוטרי מ"י המשרתים בשירות קבע, והם אינם זכאים להטבות כספיות ולהכשרה מקצועית בדומה למשרתי הקבע. מ"י ומג"ב חרגו ממגבלה שקבעה הלשכה המשפטית בחוות דעתה להעסקת השוטרים הזמניים והעסיקה שוטרים במעמד שמ"זים באותן פלוגות עם שוטרים במעמד קבע".