רבה הראשי של צפת, הרב שמואל אליהו, אומר בראיון לערוץ 7 כי ההחלטה של נציב שירות המדינה, שמואל הולנדר, שלא להאריך את תפקידו של הרב חיים דרוקמן כראש מערך הגיור הממלכתי אינה מקרית, "עניין הגיור כיום במדינת ישראל הוא מאוד משמעותי, יש הרבה לא יהודים ואין סוף בעיות הלכתיות ורוחניות, הרב דרוקמן עשה דברים טובים וטיפל ברמה הלאומית בבעיה בצורה טובה, היו הרבה שריננו אחריו ולבסוף התברר שהם אנשים שפלים".
הרב חושש כי מדובר בניסיון לסתום פיות של ציבור שלם, "הרב דרוקמן נלחם למען כבודם של ישיבות ההסדר, זה ברור שמנסים ללמד אותנו עכשיו לקח, כדי שנלמד להבא להגיד על כל דבר קדוש קדוש קדוש. פה מדובר על רב שהוא לא סתם ראש ישיבה אלא תלמידיו הם ראשי ישיבות, הוא זה שהקים את הישיבות והוא זה שהקים את מערך הגיור, מנסים להעניש אותנו על ידי הדחתו".
הרב אליהו משוכנע כי אסור לתת למערך הגיור להיות מופקד בידיים פוליטיות כפי שקורה היום, "זו ממש הפקרות, משרד ראש הממשלה זה גוף פוליטי, כמו שבתי הדין אינם כפופים לאף אחד, כך צריך להיות גם בענייני הגיור, אסור שגורלו של מערך הגיור יוטל בידיים פוליטיות".
הוא קורא לרבנים להתאחד בעת הזו ובמידה ומשרד ראש הממשלה ימשיך לפגוע במערך הגיור להתנער מהגיורים, "אם יעמידו בראש מערך הגיור אדם לא ראוי, כל הרבנים צריכים להתנער ולא להכיר בגיורים, אם הרבנים יהיו מספיק חזקים הם ינצחו, כיום המערכת הפוליטית חיה מכפיפות הקומה שלנו".
הוא טוען כי למועצת הרבנות כוח רב, "יש למועצת הרבנות את הסמכות והיכולת לעמוד על דעתם, חבל שזה לא קרה בגוש קטיף ובפרשת הר ברכה, פניתי אגב בעניין הר ברכה לרב מצגר ואני מקווה שהם יטפלו בזה, מקווה שבענייני הגיור הם יעמדו נחושים מול ההתערבות הבוטה של משרד ראש הממשלה במערך הגיור".