שר הביטחון וצה"ל הגישו הבוקר (חמישי) לבג"ץ את תגובתם בעניין עתירת תלמידי ישיבת הר ברכה נגד הוצאת הישיבה מההסדר עם צה"ל.
בתגובה מסבירים שר הביטחון וצה"ל את הסיבות להוצאת הישיבה מההסדר, לאחר תחקירים שנערכו בצה"ל, בעקבות אירוע הנפת השלט בטקס ההשבעה של גדוד שמשון בכותל, העלו כי תלמידי הר ברכה מקבלים מהרב מלמד מסרים, שלפיהם אין לציית לפקודות שאינן עולות בקנה אחד עם השקפתו הפוליטית. דברים דומים נכתבו גם בספרו של הרב, שגם ממנו מצטטת המדינה בתגובתה לבג"ץ.
"ההחלטה שהתקבלה בעניין ישיבת הר ברכה משדרת מסר ברור, חד ותקיף, שלפיו רב ישיבה אינו יכול להחליש את עקרון המרות, לפגוע בצה"ל, ללעוג למפקדיו לתמוך בסירוב פקודות, לסרב להתנצל ולהבהיר עמדתו כאשר ניתנת לו ההזדמנות לעשות כן – ועדיין ליהנות מהפריבילגיה ומההטבות שמעניקים צה"ל ומשרד הביטחון עת מכירים הם בישיבה כישיבת הסדר", נאמר בתגובה לבג"ץ.
"צה"ל מכיר בכך שהחברה הישראלית היא חברה פלורליסטית, ועושה מאמצים להכיל את השונות, בתוך גבולות הממלכתיות שלה הוא מחויב. התנהלותו של הרב מלמד חצתה את גבולות הממלכתיות באופן שחייב את צה"ל ואת שר הביטחון בקבלת החלטה נחושה וברורה, שפירושה עמידה ממלכתית על עקרון קבלת המרות", קובע שר הביטחון בתגובתו.
נציגי המדינה קבעו בסיכום תגובתם, כי "צה"ל אינו יכול להשלים עם מצב שבו חיילים אינם רואים עצמם כפופים בצורה ברורה והחלטית למרותו של הצבא ולמרותם של מפקדיהם, ואף אינו יכול להשלים עם הפגנות פוליטיות של לובשי מדים, החותרות תחת היותו של צה"ל "צבא העם". מקל וחומר, שאין לעודד קיומו של מצב זה בצורה עקיפה, באמצעות הכרה בישיבתו של הרב מלמד כישיבת הסדר, כאשר כפועל יוצא מהכרה זו זוכה הישיבה לתמיכה תקציבית מהמדינה וזוכים תלמידיה של הישיבה להטבה ייחודית ביחס לחובת השירות הצבאי – מסלול שירות ייחודי בצה"ל ותנאי שירות ייחודיים".