ראש העיר ירושלים, ניר ברקת, שלח הבוקר באמצעות היועץ המשפטי לעירייה, עו"ד יוסי חביליו, מכתב חריף ליועץ המשפטי של משרד הדתות, עו"ד ישראל פת, ובו טענות קשות על פגמים חמורים בהתנהלות נציגי השר בכל נושא הליך בחירת הרב הראשי לירושלים.
המכתב בא בנוסף לטענות ראש העיר בדבר אי השוויון בקריטריונים על פיהם פעלו נציגי השר באופן חד צדדי לבחירת בתי הכנסת. בתי הכנסת שנבחרו לגוף הבוחר לא משקפים את הרכב האוכלוסייה בירושלים – בעוד מספרם היחסי של החרדים באוכלוסיית העיר הוא כ-30%, הרוב הגדול של בתי הכנסת שבחר משרד הדתות באופן חד צדדי שייכים למגזר החרדי.
במכתב מצוינים מספר פגמים נוספים שנפלו בהתנהלות לשכת השר:
מספרים שקריים של מספר המתפללים בלפחות 8 מבתי הכנסת שנבחרו ע"י משרד הדתות, אשר סותרים באופן חמור את התצהירים שהוגשו ע"י בתי הכנסת. ניגוד עניינים בו יועץ השר אשר משמש כאיש פוליטי התערב שלא כדין בבחירת בתי הכנסת בהיותו רכז הוועדה, תפקיד אשר מן הראוי צריך להיות לא פוליטי. קיום ישיבת מחטף בניגוד לתקנות – ללא שהוזמנו אליה נציגי העירייה וללא היועץ המשפטי של משרד הדתות, אשר ביטל את מחטפי הישיבה. הוסתרו מסמכים רלוונטיים מהעירייה ועוכבה שליחת מסמכים חשובים. מבדיקה מדגמית עלה שמשרד הדתות התעלם ממאות בתי כנסת, חלקם גדולים ומשמעותיים, ושלח תצהירים רק לכ-80 מהם.לאור זאת דורשת עיריית ירושלים לבטל את ההחלטות שהתקבלו ולתקן את הליקויים, וכן את הרכב בתי הכנסת. במידה והליקויים לא יתוקנו לא מן הנמנע כי ברקת יעתור לבג"צ כנגד המשרד.
ברקת ציין כי הוא רואה חשיבות רבה במתן ייצוג הולם לתושבי העיר בבחירת הרבנים הראשיים. "בעיר בה 70% מהאוכלוסייה אינה חרדית ראוי שאחד מהרבנים הראשיים יהיה מהמגזר הציוני", אמר ברקת.