איגוד ישיבות ההסדר הצטרף כ"משיב פורמלי" לבג"ץ בעניין עתירתם של תלמידי הר ברכה נגד שר הביטחון. האיגוד כותב לבג"ץ כי החלטתו של שר הביטחון נגד ישיבת הר ברכה הינה טעות. "עסקינן בישיבה העומדת בכל דרישות החוק ואין כל בסיס עובדתי או משפטי להסרתה מרשימת הישיבות המוכרות", כתב הארגון.
"אם התנהלותם של מספר חיילים מישיבת "הר ברכה" היא שחייבה סנקציה עונשית כלשהי – הרי שהיה מקום להפנות סנקציה זו כלפי החיילים שהפרו את הוראות הצבא ולא כלפי קולקטיב שלא דבק בו כל רבב. יוזכר, בהקשר זה, כי בין "מניפי
השלטים" נמצאו גם חיילים שאינם בוגרי ישיבת "הר ברכה" ואף כאלו שאינם בוגרי כל ישיבת הסדר אחרת. למיטב הידיעה – נגד החיילים האחרים ננקטו הליכים משמעתיים ופיקודיים "בלבד", בלא שרקעם התרבותי / חברתי / חינוכי הוכתם", נכתב
האיגוד מזהיר כי ביצוע החלטתו של ברק תביא למעבר של תלמידים רבים ממסלול ההסדר למסלול של "תורתו אומנותו" ולא ישרתו כלל בצה"ל.
"על אף שהמשיב (שר הביטחון ע"ב) נועץ, פורמלית, באיגוד ישיבות ההסדר, נדמה כי הלכה למעשה – לא נתן בהחלטתו כל משקל לעמדת האיגוד. איגוד ישיבות ההסדר והעומדים בראשו ניסו, על דרך ההידברות, להגיע לפתרון יעיל, מידתי ומוסכם שישרת המטרה האמורה, מחד, ולא יוביל לקרע בין ישיבות ההסדר לבין צה"ל, מאידך. למרבה הצער – החלטתו הקיצונית של המשיב לא איפשרה מציאת פתרון כאמור".·
האיגוד חותם את דבריו "ע"מ שלא לפגוע בתלמידי ישיבת "הר ברכה" סבור איגוד ישיבות ההסדר כי עד להכרעה בעתירה – יש לעכב כל החלטה אופרטיבית בעניינם של תלמידי הישיבה ולמנוע שינוי כפוי במצבם עד להכרעה סופית של בית משפט נכבד זה".