אחד מראשי הרבנות הצבאית הראשית, קצין בדרגת סגן-אלוף, הורה במכתב לְרבנים בצה"ל שלא להתערב בסוגיית הסרבנות למלא פקודות והסביר "המשכיל בעת ההיא יידום". כך גילה הפרופסור ידידיה שטרן, סגן נשיא המכון הישראלי לדמוקרטיה, בקול ישראל.
הוא סיפר כי המסמך התגלגל לידיו בימים האחרונים וכי הוא תמה על שהרבנות הצבאית מעדיפה לשתוק ולא לחוות דעה בסוגייה כה בסיסית כמו חובת הציות לִפקודות. הפרופסור שטרן ציין עם זה כי הוא יודע שהרב הצבאי הראשי סבור שחובה לציית לפקודות מן הסוג שהרב מלמד קרא לסרב למלא.
לפני כחודש דיווח ערוץ 7 כי שר הביטחון, אהוד ברק, והרמטכ"ל, רא"ל גבי אשכנזי, החליטו לאחרונה שלא להאריך את כהונתו של הרב הצבאי הראשי, תת אלוף הרב אבי רונצקי. גורמים צבאיים לא הופתעו מההחלטה מאחר ותקופה ארוכה מנסה הדרג הבכיר בצה"ל "להחביא" את הרב, למנוע ממנו להשתתף בפורומים שונים ולהביע את עמדתו בסוגיות העומדות על הפרק.
כך למשל לפני מספר שבועות אסר צה"ל על הרב להשתתף בכנס לציון שנה למבצע "עופרת יצוקה" שנערך בכנסת בהשתתפות קציני צבא במילואים, שרים, יו"ר הכנסת, חברי כנסת ורבנים. מארגני הכנס הביעו פליאה על התנהלותו של צה"ל בעניין, "האם מישהו מנסה לעצור את הרב הראשי הצבאי?", שאלו.
גם בפרשה האחרונה סביב ישיבת ההסדר בהר ברכה מנע צה"ל מהרב להתבטא ואסר עליו להתראיין בכלי התקשורת.