תלמידי ישיבת הר ברכה משכו בהמלצת שופטי בג"ץ את עתירתם נגד החלטת שר הביטחון לחייב אותם לעבור לישיבת הסדר אחרת, זאת לאחר שהשופטים, ביניש, פוגלמן ורובינשטיין, הבהירו להם כי העתירה לא תתקבל.
השופטים מתחו ביקורת על הרב אליעזר מלמד, לאחר שלא נכח בדיון בעתירת תלמידי הר ברכה, זאת על אף שבאופן רשמי לא הוא עתר לבג"ץ אלא תלמידי ישיבתו.
השופטים העירו כי הניסיון להציג את הסכסוך בין שר הביטחון לרב מלמד כסכסוך אישי איננו מדויק. "זה לא נראה עניין אישי, יש התבטאויות של הרב, זה לא סכסוך אישי הדבר יותר רציני זה לב העניין", אמרה הנשיאה ביניש.
השופט פוגלמן הצטרף אף הוא לדברים, והעיר כי "יש כאן בעיה עם ראש ישיבה ספציפי, גם לאחר מכן לא ראינו את התנגדותו לעניין ולכן לצבא יש סמכות לפעול בעניין".
השופט רובינשטיין מתח ביקורת על אי התייצבותו של הרב מלמד לשימוע בפני שר הביטחון, "מוזר שהרב לא הגיע לשימוע עם שר הביטחון , ולכן ברק הפעיל את שיקול הדעת בעניין בגלל שאין תקנות בעניין".
לאחר שעורך דינם של התלמידים, גלעד קורינאלדי, טען בתגובה, כי "הדרך שנעשה הזמנה מהיום להיום, היתה לא סבירה, משרד הביטחון לא הסכים לשנות את זמני הפגישה", השיב רובינשטיין, כי "היה זמן לרב לא להגיע למצב שכזה ולזמן את עצמו ללשכת שר הביטחון".
השופט רובינשטיין העיר, כי היעדרותם של נציגי הישיבה הרשמיים, הרב מלמד או מי מטעמו, מונעת מהשופטים לנסות ולהגיע להסדר בין הצדדים, "אם הרב מלמד רוצה להגיע להסדר הוא צריך לחתור לכך. יש לנו קושי שהרב מלמד לא רוצה להגיע להידברות עם ברק".
בתגובה לטענות עורך הדין של התלמידים, לפיה שר הביטחון איננו מעוניין בפשרה ענתה ביניש, כי "הרב מלמד לא מכיר בשר הביטחון, לא אנחנו צריכים ליזום פגישה הרב צריך".
ביניש העירה גם, כי הניסיון להפריד בין עניינם האישי של התלמידים לעמדתו של הרב מלמד הוא מלאכותי, "הרב מלמד הוא ראש ישיבה , אי אפשר למצוא פתרון בצה"ל , הישיבה זה הרב והרב זה הישיבה".
לקראת תום הדיון פנתה השופטת ביניש לנוכחים ואמרה, כי "אסור להפוך את העניין למתח בין ישיבות הסדר לצה"ל, זו תופעה קיצונית של רב אשר לא מוכן לחזור בו מדברים שכתב ומהתבטאויותיו, ולכן אני חושבת שכדאי בנסיבות כאלה לקבל את ההמלצה שלנו ולמשוך את העתירה.
השופט רובינשטיין הוסיף ואמר, כי "אתם צריכים ללמוד לקח ואני מקווה שילמד הלקח מהעניין. השכל הישר אומר שיש החלטה ואין לצפות ממערכת הביטחון לשנות את החלטה. אולם יש לצפות ממערכת הביטחון להתגמש בלוח הזמנים והתנאים שהוצב לתלמידי הישיבה".
בסיום הדיון קיבלו התלמידים כאמור, באמצעות עורך דינם, את המלצת השופטים ומשכו את העתירה.
לאחר הדיון אמר בא כוחם של התלמידים העותרים, עו"ד גלעד קורינאלדי, לערוץ 7, כי "שופטי בג"ץ הבהירו כי על צה"ל לגלות רגישות כלפי התלמידים בפתרונות פרטניים".
"אני ביקשתי מבית המשפט להיכנס לעובי הקורה ולהורות על מתווה של הסדר מחוץ לכותלי בית המשפט ברמה הציבורית והפוליטית, ובתגובה השיבה השופטת בינייש כי לא יכול להיות הסדר בלי הרב מלמד והרב לא מצא לנכון לפנות לבית המשפט", הוסיף קורינאלדי.