במשרד הבריאות מזהירים, כי הניסיון לחסוך במים באמצעות שימוש במים אפורים (מים שנותרו מכביסה, מקלחת וכדו' ) להשקייה, מהווה סכנה בריאותית.
במשרד מציינים, כי בבדיקות שנערכו ב-"מים אפורים" נמצאו ריכוזים של בין 10,000 ל- מאה מיליון חיידקי קולי צואתי ב- 100 מ"ל, זאת בדומה לריכוזים שמוצאים בשפכים סניטריים רגילים (ביוב). בהשוואה, להשקייה של גינון ציבורי בקולחים מטופלים, משרד הבריאות מחייב כי ריכוז חיידקי קולי צואתי יהיה פחות מ- 10 חיידקים ל- 100 מ"ל.
במשרד מסבירים, כי מגע של בני אדם ובע"ח בשטחים המושקים במים אפורים (גינות הבתים) עלול להפיץ מחלות זיהומיות קשות.
בנוסף לסכנת הפצת מחלות כתוצאה מהשקיית גינון פרטי ב"מים אפורים", טוענים במשרד כי קיימת האפשרות לחיבור בטעות בין מערכת המים האפורים ובין צנרת המספקת מי השתיה לבית, וע"י כך לגרום לזיהום מי השתיה בבית הפרטי ובישוב כולו.
משרד הבריאות פרסם הנחיות המאפשרות קידום הקמת מתקנים לטיפול במים אפורים על ידי רשויות מקומיות או על ידי עסקים טעוני רישוי, בטכנולוגיות מתקדמות שיבטיחו רמת טיהור גבוהה. המים המטופלים במתקנים אלו יכולים לשמש להשקיית גינון ציבורי.
מערכות הטיפול במתקנים להשבת קולחים הינן מורכבות הנדסית, דורשות תחזוקה מקצועית וכוללות מערכות ניטור רציפות ובדיקות מעבדה לבקרה על איכות הקולחים המתקבלים.
קיים חשש כי מתקני הטיפול במים אפורים שיוצבו בבתים פרטיים יופעלו ללא מיומנות מקצועית, לא ירחיקו את המיקרואורגניזמים גורמי המחלות במידה הנדרשת ויהיו נתונים ליותר בעיות תחזוקה וכשלים בתפעול. לפיכך, הנחיות ההנדסיות ודרישות הניטור שפרסם משרד הבריאות לא מאפשרות השקיית גינון בבתים פרטים.
לסיכום קובעים במשרד הבריאות, כי החיסכון במים הוא צו שעה. יש להישמע להמלצות רשות המים בנושא החיסכון במים, אך לא לחסוך על ידי שימוש ב"מים אפורים", המהווים סיכון בריאותי.