חברת הבנייה 'נאות הפסגה מודיעין עלית בע"מ' הבונה בעיר מודיעין עלית, הגישה הבוקר יום (ד), באמצעות עוה"ד אודי ארד, ממשרד ארד ושות', תובענה נגד המדינה לפיצויים בהיקף 171,000,000 ₪ בגין נזקים שנגרמו ונגרמים לה כתוצאה מהקפאת הבנייה במקרקעין שלחברה זכויות בהם. התובענה הוגשה לוועדת התובענות שהוקמה מכוח החלטת וועדת השרים לענייני ביטחון לאומי (הקבינט המדיני בטחוני), בה מפרטת החברה את כלל הנזקים הישירים שנגרמו לה לרבות הוצאות, תשלומים ועוד.
בחברה מזכירים כי לפני כחודש וחצי נשלחה לראש הממשלה מר בנימין נתניהו, שר הביטחון מר אהוד ברק, שר האוצר ד"ר יובל שטייניץ ואלוף פיקוד המרכז האלוף אבי מזרחי, דרישה לתשלום פיצויי מיידי, בסך 18,000,000 ₪ להקטנת נזקיה של חברת 'נאות הפסגה מודיעין עלית בע"מ' שיכולים להגיע למאות מיליוני שקלים ועל מנת למנוע את קריסתה, כל זאת כתוצאה מהקפאת הבנייה בעיר מודיעין עלית, בה החברה בונה 2,300 יחידות דיור ומתחמים לתעסוקה ומסחר. ראשי החברה טענו כי המדינה אחראית על הנזקים שנגרמו להם ועל כן עליה לפצות את החברה בגין מחדליה. החברה שפעילותה בעיר מודיעין עלית הוקפאה לחלוטין כתוצאה מהוצאת צו מינהלי של אלוף הפיקוד בחודש מאי 2009 מעריכה כי הנזקים העתידים שנגרמים לה עשויים להגיע לכדי מאות מיליוני שקלים.
לטענת החברה, החלטת הממשלה על הקפאת הבניה למשך עשרה חודשים, שבאה לאחר החלטת אלוף הפיקוד בדבר הוצאת צו להפסקה זמנית של הבנייה שנבעה מהצורך של המערכת הצבאית לתכנן מחדש את העתקת תוואי גדר ההפרדה הקיימת באזור העיר מודיעין עלית - פגעה בחברה הן מבחינה כלכלית, שכן החברה התחייבה אל מול רוכשי דירות, הן מבחינת המערכת הבנקאית המלווה את הפרויקט, הן מבחינת הספקים, הן מבחינת מחזיקי אגרות החוב של החברה והן מבחינת תדמיתה של החברה בציבור, שכתוצאה מאירועים אלו נפגעה קשות ועד כה החברה טרם קיבלה מענה הולם וטיפול בתיקון הנזקים שנגרמו לה על ידי החלטת הממשלה.