החברה להגנת הטבע הגישה לוועדה המחוזית דרום התנגדות רשמית להקמת היישוב העירוני ניצנית בפתחת ניצנה, בנגב המערבי, כ – 70 ק"מ דרומית מערבית לבאר שבע, על גבול ישראל מצרים, המיועד ל – 1500 יחידות דיור, מסוף גבול, מערך דרכים אזורי ועוד.
החברה להגנת הטבע מתנגדת להקמת היישוב העירוני ולמיקומו וסבורה כי אין מקום להקמת יישובים חדשים וכי יש לפעול לחיזוק היישובים הקיימים באזור פיתחת ניצנה, הרחוקים ממיצוי הקיבולת שלהם.
נציין כי ההחלטה על הקמת היישוב העירוני התקבלה בכפוף להחלטת ממשלה על חיזוק ההתיישבות בפתחת ניצנה ונועדה בין השאר לקידום התיירות כמנוף להתפתחות האזור.
לטענת החברה להגנת הטבע, פיתוח ישובים חדשים, הכולל הן בניית בתי מגורים והן תשתיות נלוות נדרשות כגון כבישים, חשמל, ביוב ומים - פוגע בנוף הפתוח, מצמצם את כמות השטחים הפתוחים בבינוי צמוד קרקע בצפיפות נמוכה, קוטע את רצף השטחים הפתוחים ומוביל להרס בתי גידול ולנזק אקולוגי, ודוגמה לכך היא הקמת היישוב החדש ניצנית בפתחת ניצנה.
עוד נטען כי התיירות באזור פתחת ניצנה הולכת ומקבלת תנופה. אזורים אלה כוללים נופי ארץ בראשית פתוחים, מסקרנים ושונים מאזורים אחרים בישראל. במקום קיים היצע במגוון רחב של פעילויות המתאימות לאזור ותיירים ומטיילים המגיעים לאזור נהנים מטיול באזור הגבעות ובחולות. אתרים חשובים רבים כמו תל ניצנה, החוות הקדומות, מערת ניצנה, הכביש המנדטורי מערת ניצנה, ודיונות החול עלולים להיהפך למובלעות בתוך הנוף בנוי או בשוליו ובכך יאבדו מייחודם.
החברה להגנת הטבע סבורה כי יש חשיבות לשמירה על רצף השטחים הפתוחים והנוף הפתוח על עולם הצומח והחי הייחודיים בפתחת ניצנה וכי קיימות חלופות אחרות ליישובים אלו, כעיבוי היישובים הקיימים בפתחת ניצנה ושימור האופי הכפרי הקהילתי של היישובים באמצעות פיתוח נכון ובר קיימא. עיבוי היישובים הקיימים בנגב בכלל זו משימה לאומית ועל כן ראוי להקצות את מלוא תשומת הלב והמשאבים לקליטת משפחות חדשות ופיתוח מקורות פרנסה בתוך הישובים הקיימים.