בארגוני השמאל "האגודה לזכויות האזרח" וב"יש דין" רואים בחומרה את צווי האלוף שהכריזו על בילעין וניעלין כ"שטח צבאי סגור" בימי שישי, "במקום שהפך לסמל המחאה רומס צה"ל את חופש הביטוי".
"המחאה בבילעין ובנעילין יוצאת כנגד פגיעה פסולה בזכויות האדם של התושבים, עקב בנייתה הבלתי-חוקית של גדר ההפרדה על אדמותיהם. במחאה משתתפים תושבי האזור – נשים, גברים וילדים, אליהם מצטרפים ישראלים ופעילים מכל רחבי העולם. המפגינים בבילעין אף הוכרו בדוח רשמי של האו"ם כמגיני זכויות האדם, הזכאים להגנה מיוחדת של כוחות הביטחון. פעולות מחאה עממית אלו הפכו למודל לחיקוי בקרב מפגינים ופעילים פוליטיים ברחבי הגדה", אומרים בארגונים.
"בשנה האחרונה פעל צה"ל ביתר שאת לדיכוי המחאה בבילעין ובניעלין, לעתים, תוך שימוש באמצעים שחוקיותם מוטלת בספק; בין השאר באמצעות החמרת השימוש בכוח לרבות שימוש בלתי חוקי בנשק כנגד המפגינים, מעצרים והעמדה לדין של מארגני ההפגנות בכפר בילעין, וזאת על אף שהנהגה זו חרתה על דגלה את דרך המאבק הלא-אלים. צווי האלוף החדשים הם צעד נוסף במערכה שמוביל צה"ל לדיכוי חופש הביטוי והמחאה בבילעין ובניעלין".
עו"ד מיכאל ספרד, היועץ המשפטי של ארגון זכויות האדם "יש דין", מסר "מי שחתם על הצו החדש איבד כנראה כל בושה ויומרה לייצג משטר שמכבד, ולו למראית עין, את חופש הביטוי ואת זכות המחאה של התושבים תחת שליטתו".