ועדת החקירה הממלכתית לבחינת מצב משק המים קובעת, כי המשבר במשק המים בא בעקבות צבר של שנים שחונות. אולם בבסיסו נמצאים ליקויים יסודיים בתהליך קבלת ההחלטות ובקביעת המטרות והיעדים ארוכי טווח במשק המים.
הוועדה קבעה כי מצב זה הביא במשך שנים ל"הפקת יתר". "לנציבי המים לא היה הכוח או הרצון לצמצם את הספקת המים ולהקטין את הפקת היתר. יתירה מזאת, הם גם לא מסרו מידע מלא ובשפה מובנת, לציבור ולממשלה, על כך שהמדיניות המתמשכת אינה בת-קיימא. אפשר היה להקטין את הפקת היתר בשתי דרכים עיקריות: האחת, כניסה להתפלה של מי-ים בהיקף גדול יחסית; השנייה, נקיטה בשורה של אמצעים, וביניהם הקטנת הצריכה בחקלאות ובמגזרים האחרים, או הרחבת ההיצע – בקולחים, התפלת מליחים, טיוב בארות וצעדים נוספים".
לטענת הוועדה, רשות המים, ונציבות המים לפניה, לא השכילו לאמץ מדיניות עקבית וברורה בנושא ניהול הצריכה. כבר לפני שנים היה מקום לפעול במגמה של הקטנת הצריכה. הנציבות פעלה בזמנו לקידום תכניות חסכון במים בשעת משבר, אשר נשאו פרי, אך הפעלת תכניות אלה הופסקה בעקבות שנה גשומה ובכך ביטלה הישגים קודמים.
תחת זאת קיבלה הנציבות כהנחת עבודה, גידול מתמיד בצריכת המים לנפש, ואף קיבלה ערכים אלו כערכי בסיס לתכנון התפלה, קווי מים ומערכות אספקת מים, ובכך קיבעה את הוויתור על ערך החיסכון.
הוועדה הוסיפה, כי "ההתנהלות של רשות המים, משרד התשתיות הלאומיות והממשלה במהלך השנה האחרונה מדגימה את החסר ב"תכניות מגירה" למצבי חירום. במהלך השנה לא יושמה מדיניות ברורה ולא ננקטו צעדים החלטיים, אלא התנהלו דיונים במוסדות השלטון השונים להערכות לגבי המדיניות הנדרשת. אין ספק כי יש צורך בתכניות מגירה שידונו בפורומים המתאימים ושניתן יהיה להפעילן בשעת הצורך".
הועדה מתחה ביקורת נוקבת על התנהלות האוצר בנושא ההתפלה תוך שהיא קובעת, כי "אין מנוס מהמסקנה שהדרג המקצועי במשרד האוצר לא פעל לביצוע החלטות הממשלה כמתחייב מסדרי מינהל תקין. התנהלות משרד האוצר בנושא משק המים באה לידי ביטוי בשני רבדים. האחד – הצגת הגישות המקצועיות של משרדי החקלאות והתשתיות כשגויות ופעולות לשינוי החלטות הממשלה ולצמצום היקפי ההתפלה שנקבעו בהן; והשני – הערמת קשיים על ביצוע החלטות שהתקבלו ולא עלו בקנה אחד עם השקפת משרד האוצר".
במשרד האוצר אומרים בתגובה לביקורת שמתחה ועדת החקירה למשק המים על התנהלות המשרד, כי "אם וככול שנעשו בעבר משגים בנוגע לניהול משק המים על ידי גורמי הממשלה השונים, הרי שבשנים האחרונות פועל משרד האוצר במשנה מרץ על מנת לקדם פרויקטים רבים במשק המים לרבות שינוים מבניים ובהם הקמת רשות המים, הקמת תאגידי מים וביוב והאצת הקמתם של מתקני ההתפלה".
"בזכות פעילות זו, פועלים כיום בישראל שלושה מתקני התפלה שיספקו כבר במהלך שנת 2010 כ- 300 מליון קוב מים המהווים כ- 40% מהתצרוכת הביתית. עד שנת 2014 יפעלו בישראל 6 מתקני התפלה אשר יספקו כ-600 מליון קוב לשנה המהווים כ-90% מהתצרוכת הביתית", מוסיפים במשרד.