נוכח מסע האיומים והלחצים של משרד הבטחון על תלמידי ישיבת הר ברכה, החליטה הנהלת הישיבה לסייע לתלמידים להרשם בישיבה אחרת הקרובה ברוחה, כדי שיוכלו לסיים בהצלחה את מסלול ההסדר בצה"ל.
"אנו בטוחים שהקשר האמיץ עם התלמידים לא יפגע והם יבואו לבקר, ללמוד ולשאוב מרוחה של הישיבה ומאור תורתה. הם כולם אהובים ורצויים בבית מדרשנו", אמר גורם בכיר בישיבה. "הנהלת הישיבה החליטה שמעתה ואילך מסלול הלימודים בישיבה יהיה כבכל הישיבות הגבוהות, והננו שלמים עם עמדתנו הציבורית למרות המחיר הכבד שהישיבה משלמת".
עוד נמסר כי "אותם התלמידים שהחליטו שלא לקבל את הפתרון שהוצע על ידינו ולהשאר בישיבה תוך נכונות להקרבה במאסר ממושך, מקדשים במעשיהם שם שמים, ואשריהם שהם נתפסים על דברי תורה, ואשרינו שיש לנו גיבורים צעירים כאלה. הם עתיד האומה".
"אנו מקווים שעם הזמן, יתחלפו האישים במשרד הבטחון או שישובו בתשובה, ואז תוכל שוב ישיבת הר ברכה להציע לתלמידיה לשאת בגאון את השירות הצבאי גם במסלול ההסדר. אנו תפילה שלמרות המשבר, בזכות עמדתה האיתנה והבהירה של הישיבה, היא תשגשג ותפרח בקליטת תלמידים ובהרחבת השורות ומסלולי הלימוד בישיבה".
לערוץ 7 נודע כי בחודשים האחרונים הציעו גורמים שונים לראש הישיבה, הרב אליעזר מלמד, מגוון הצעות פשרה בנסיון להחזיר את הישיבה למסלול ההסדר. מאחר והצעות אלה היו כרוכות בויתור על משנתו האידאולוגית של הרב או לכל הפחות בהתחיבות שלא להביע את עמדותיו בפומבי החליט הרב אליעזר מלמד לדחותן על הסף.