המועצה הארצית לתכנון ובניה היא מוסד התכנון הבכיר בין ועדות התכנון והבניה. במועצה מיוצג מגוון רחב של גורמים העוסקים בתכנון ובניה, וביניהם משרדי ממשלה שונים, נציגים של רשויות מקומיות מסוגים ומאזורים שונים ונציגי ארגונים סביבתיים, חברתיים ואקדמיים.
לאור מעמדה החשוב של המועצה הארצית, החליטה הממשלה לבקש את הערותיה לנוסח הצעת החוק, גם לאחר אישורה בקריאה ראשונה בכנסת. המלצות המועצה הארצית יובאו לדיון בועדת השרים לענייני חקיקה.
לאחר שקיימה שני דיונים מעמיקים בהיבטים שונים של הצעת החוק, החליטה המועצה כי היא "מכירה בחשיבותה של רפורמה בהליכי התכנון ורישוי הבניה, ומברכת את הממשלה על היוזמה לקידום תיקון מקיף לחוק התכנון והבניה". החוק הקיים חוקק בשנת 1965 והוכנסו בו מאז מעל 90 תיקונים.
עם זאת, המליצה המועצה הארצית על מספר שינויים משמעותיים בהצעת החוק:
תכניות המתאר המחוזיות: על פי הרפורמה, יבוטל בהדרגה מדרג תכניות המתאר המחוזיות, באמצעות הטמעת הנושאים והערכים הכלולים בתכניות המתאר המחוזיות התקפות בתכניות המתאר הארציות ובתכניות המתאר המקומיות הכוללניות.
על מנת להבטיח כי לא ייפגעו הנושאים החשובים, המטופלים היום בתכניות המתאר המחוזיות, המליצה המועצה כי יגובשו מנגנונים נוספים להגנה עליהם, גם בטרם אישורה של תכנית מתאר ארצית המטמיעה בתוכה נושאים אלה.
הרכב מוסדות התכנון: המועצה המליצה לממשלה לבחון מחדש את ההרכבים המוצעים בהצעת החוק למוסדות התכנון השונים, במגמה שלא לפגוע באיזונים הקיימים בחוק הקיים בין בעלי העניין השונים. זאת, ככל הניתן, מבלי להגדיל את מספר החברים.
שתוף הציבור בהליכי התכנון: המועצה ברכה על הצעדים המוצעים בהצעת החוק בכל הנוגע להגברת שקיפות הליכי התכנון, אך ממליצה לממשלה לשפר ולהרחיב את שתוף הציבור בהליכים. במסגרת זו הומלץ לעגן בחוק הליכים לשתוף ציבור, אשר יקלו עליו את הבנת התכניות ויטיבו את איכות התייחסויותיו לתכנית. זאת, מבלי לפגוע ביעילות ובלוח הזמנים לקידום תכניות.
היבטים חברתיים וכלכליים בתכנית: על מנת להבטיח התייחסות ראויה להיבטים החברתיים והכלכליים של תכניות, המליצה המועצה לחייב הגשת נספח חברתי-כלכלי לכל תכנית מתאר מקומית כוללנית.
שטחים פתוחים ותכניות אזוריות: המועצה הארצית רואה חשיבות בקידום תכניות ארציות ואזוריות לשטחים פתוחים, העלולות להידחק מול תנופת הפיתוח הצפויה בעקבות הרפורמה. לצורך כך, הוצגו למועצה הבהרות משרד הפנים בדבר האפשרויות המוגדרות בחוק לקידום תכניות אלה. בנוסף, המליצה המועצה הארצית על צעדים נלווים, שיש לדעתה לקדם במקביל לחקיקה וכתנאי לכניסתה לתוקף:
קידום תכנון: המועצה הביעה חששה ממצב בו ייכנס החוק החדש לתוקף, מבלי שיוקצו המשאבים ויינקטו הצעדים הדרושים לקידום תכניות המתאר הארציות והמקומיות הדרושות לצורך יישומה התקין. המועצה הנחתה את משרד הפנים לפעול להאצת קידום התכניות הנחוצות.
ביזור סמכויות לועדות המקומיות: המועצה המליצה להתנות את כניסת החוק החדש לתוקף בהקצאת משאבים ובהיערכות משרד הפנים לסיוע לועדות המקומיות, על מנת לשדרג את יכולותיהן המקצועיות ואת יכולתן למלא את תפקידיהן על פי הצעת החוק.
תכניות מפורטות: המועצה הארצית קראה להאיץ את הייזום הממשלתי של הכנת תכניות מפורטות בתחומים השונים, לרבות הקצת משאבים מספקים לגורמי הממשלה הרלוונטיים. זאת, בהתאם למדיניות התכנון שנקבעה במסגרת תמ"א 35, ובמגמה למצות את הפוטנציאל הטמון ברפורמה בהליכי התכנון ורישוי הבניה.
בנוסף, החליטה המועצה להעביר לשקול דעת ועדת השרים לענייני חקיקה מאות הערות, חלקן עקרוניות, שהוגשו על ידי חברי המועצה. הערות אלה הועברו מבלי שהתקבלה החלטה של המועצה לגבי תוכנן.