ראש ישיבת ההסדר בחיפה, הרב אליהו זיני, אומר בראיון לערוץ 7 כי הוא מצר מאוד על ההחלטה להפוך את ישיבת הר ברכה לישיבה גבוהה, "אני מאוד כועס כי זה כואב שישיבת הסדר נסגרת, זו ישיבה עם מוטיווציה וזהו הפסד לעם ישראל".
לדבריו, הייתה פה ירייה ברגל של צה"ל, "זה חמור בעיניי שאנשים נידונו פה בצורה מיותרת על ידי שר שנהג בבריונות כמו שהוא נוהג גם במישורים אחרים, וכל זה למה? כי הם לא היו מוכנים לוותר על נכסי צאן הברזל שלנו, על ארץ ישראל".
הרב זיני חושש שמדינת ישראל במו ידיה הורסת את עתידה, "המעשה הזה, מלבד זה שהוא חמור ומזיק לכולנו, הרי שיותר מצער זה שאנחנו הורסים את החלומות של הצעירים. שום עם לא יכול להתקדם אם הוא לא מסוגל לעצב את החלומות של הצעירים שלו. דווקא היום כשאנחנו רואים שכל כך הרבה אנשים משתמטים מהשרות הצבאי ומדינת ישראל עומדת בפני סכנה ערכית רצינית, דווקא לאור זה צריכה הייתה ההנהגה לעשות חשבון נפש לאומי ולשאול את עצמה איך אנחנו יכולים להחזיר לצעירים שלנו את היכולת לחלום חלומות. הצעירים רוצים לחשוב בגדול ואנחנו לוקחים להם את החלום, הרי הנערים האלה סרבו לוותר על ארץ הקודש ששייכת לעם ישראל, הם לא רצו שזה יימסר לאויבי ישראל ששופכים את דמנו".
לטענתו, הדבר החמור בסיפור, זה שהפוליטיקאים מתערבים בהחלטות של רבנים, "אני אמנם לא מכיר את כל הדיונים שהיו עם ראש הישיבה, אבל בכל מקרה, לא ייתכן שמנגנון פוליטי יכפה את דעותיו על רבנים, מכיוון שאז אנחנו עלולים להידרדר לתופעות שראינו בתקופת הבולשביקים שלחמו מלחמת חרמה נגד כל שביב של אמונה".
הרב זיני רואה פה מאבק בין פוליטיקאים לאנשי רוח, "יש פה בעצם מאבק בין שר הביטחון ברק לבין אנשי הרוח, הוא הרי יכול להעניש אבל בשום אופן לא להכתיב לרב איך לחנך את עם ישראל, אסור שרב ייכנע לתכתיב. המשבר הזה הוא ההמשך של המשבר שייצר הבריון שהרס את גוש קטיף בלי שום הצדקה, אמנם עכשיו זה בפחות עוצמה אבל זה ממש אותו כיוון".
לדבריו, ההפסד בפרשת הר ברכה הוא של מדינת ישראל, "יש פה הפסד לכולנו וגם לצה"ל, החבר'ה האלה קרועים עכשיו בין הנאמנות למדינה לנאמנות לתורה וחבל שזה כך, כי העם הזה דווקא צועד בכיוון מצוין. הבעיה שיש אנשים כמו שר הביטחון שחושבים שהם נמצאים עדיין בתקופת מפא"י והם נלחמים בדת, בלי להכיר בכך שיש ציונות דתית שהיא גם דתית וגם ציונית".
הרב זיני משגר מסר חריף לראש הממשלה, "דווקא על רקע הפרשה הזאת אני רוצה לקרוא לראש הממשלה שלא ילך להרוס את הבתים של אותם קצינים בעלי, לוחמים שמסרו את נפשם למען ארץ ישראל. זה ממש חמור שהולכים להרוס בתים של אלמנות ויתומים של לוחמים, חייבים לעשות תשובה בעניין הזה, קשה להבין איך איש שהיה מפקד סיירת מטכ"ל ורמטכ"ל מתנהג כמו בריון וכל זה בשם המאבק בעולם הדתי. הרי הציונות הדתית פתרה את הבעיות, אבל ברק עדיין חושב שהמדינה רשאית להכתיב גם בענייני הרוח כמו שחשבה תנועת מפא"י".