ממשלת חמאס מגיבה על טענות הג'יהאד האסלאמי בדבר מעצר מספר חברי הזרוע הצבאית שלה למשך מספר שעות ע"י כוחות הביטחון הפלסטיניים ברצעות עזה. איהאב אל-רוסיין, פרסם (15 באפריל 2010), כי המעצר של חברי חולית הג'יהאד האסלאמי באזור הגבול עם ישראל נבע מחוסר הבנה של מנגנוני הביטחון שסברו בטעות שמדובר בסוכנים המנסים לפגוע במטעני הנפץ שהוטמנו במקום.
רוסיין ציין, כי אנשי מנגנוני הביטחון ביקשו מחברי החוליה הסברים למעשיהם במקום ובמהלך חילופי הדברים אחד מהם החל לתקוף את אנשי הביטחון, וזו הייתה הסיבה שהם נעצרו והועברו למנגנון הביטחון הפנימי (שהוקם במקום מנגנון הביטחון המסכל). לדבריו, לאחר שהתברר כי מדובר בחברים באחד מארגוני ההתנגדות טופל העניין במישור הפלילי בשל התקיפה הפיזית האלימה. הוא הכחיש בתוקף את הטענות כאילו הם נתבקשו לחדול מפעילות טרור ("התנגדות"), באומרו, כי "הנושא המרכזי מבחינתנו הוא הדגשת זכות ההתנגדות".
ח'אלד אל-בטש, מראשי הג'יהאד האסלאמי, אמר בהקשר זה כי מנגנון הביטחון הפנימי לא העלה כל דרישות לפעילי הג'יהאד האסלאמי שלא לשגר טילים לעבר ישראל או להימנע מתקיפת יעדים ישראליים. בראיון טלפוני לסוכנות הידיעות הגרמנית אמר בטש, כי הג'יהאד האסלאמי רואה בישראל מדינה כובשת האחראית על כל מה שקורה ברצועת עזה, ולכן כאשר היא מבצעת תוקפנות או פלישה לשטחי רצועת עזה הארגון יפעל נגדה.