גילויים חדשים על היחס של היפנים כלפי הקהילה היהודית באינדונזיה במהלך מלחמת העולם השנייה נחשפו היום בכנס השנתי התשיעי ללימודי אסיה בישראל שנערך באוניברסיטת חיפה, שעיקרן: למרות שהיהודים מנו 3000 איש מתוך אוכלוסייה של 68 מיליון איש- הם האשמים בכל.
פרופ' רותם קובנר מהחוג ללימודי אסיה באוניברסיטת חיפה סיפר כיצד הגיעו יהודים לאי האסיאתי המרוחק, שהוא כיום המדינה המוסלמית הגדולה בעולם, עם אוכלוסייה של כ-230 מיליון איש.
תחילת השורשים היהודים באי מגיעים למאות ה-16-17, כשהאיים בדרום מזרח אסיה הפכו לקולוניות פורטוגליות. היהודים, בעיקר אנוסים, הגיעו כחלק מדרך הסחר הפורטוגזית. בהמשך הגיעו יהודים גם דרך חברת הסחר "הודו המזרחית" ההולנדית, כשבמחצית המאה ה-18 יהודים באו באופן חוקי למקום שהפך להיות קולוניה הולנדית. לדבריו של פרופ' קובנר, ערב מלחמת העולם השנייה הקהילה היהודית באינדונזיה מוערכת בכמה אלפים - חלקם מאירופה וחלקם יהודים מעיראק.
עם הכיבוש היפני הוכנסו כל האזרחים האירופאים למחנות ריכוז, ובהם גם יהודים אירופאים, אך יהודי עיראק, כמו גם יהודים שהיו אזרחים של מדינות ניטרליות או בעלות ברית של יפן, נותרו חופשיים.
במחצית שנת 1943 החל מהלך יפני שהתרחש אך ורק באינדונזיה: היהודים שהיו עד אז חופשיים נעצרו גם הם, והיהודים האירופאים הופרדו מיתר האירופאים העצורים. "בשלב זה של המלחמה פרץ משבר כלכלי גדול באינדונזיה וחלק גדול מהאוכלוסייה המקומית גויס לעבודות כפייה. היפנים שרצו לרצות ולהרגיע את האוכלוסייה המקומית החלו להשמיע הבטחות עמומות על עצמאות ובמקביל חיפשו שעיר לעזאזל. למרות גודלה המזערי של האוכלוסייה היהודית, אוכלוסייה זו 'נבחרה' לתפקיד זה", ציין פרופ' קובנר.
מרגע זה, החלה – לדבריו- לראשונה באינדונזיה תעמולה אנטישמית. היהודים הואשמו במצב הכלכלי העגום באינדונזיה, כמו גם בשאר העולם. נטען שהם השתלטו על משאבים והושמעו טענות אנטישמיות נוספות שמוכרות מאירופה.
ד"ר רן שאולי מאוניברסיטת בר-אילן, טען בכנס כי הסינים נרדפו במלאיה וסינגפור אך לא בארכיפלג האינדונזי. "יהודים נכלאו במחנות יפניים כחלק מהמדיניות של כליאת כל האוכלוסייה האירופאית. בשלב מסוים הופרדו היהודים מהאחרים". לדבריו, היחס ליהודים במחנות היה קשה מאוד, אך קשה לקבוע "מי סבל יותר". יתר על כן, ספק אם יש תועלת בשאלה שכזו.