פרק מיוחד מקדיש מבקר המדינה בדו"ח שפרסם היום להזנחת בית העלמין בהר הזיתים. הוא קובע כי ממשלות ישראל היו ערות לאירועים הקשים בבית העלמין וביקשו לתקן את הדרוש תיקון, אך "אף על פי כן שיקום בית העלמין מתקדם בעצלתיים, רמת תחזוקתו אינה מספקת, רמת האבטחה שלו ירודה ואירועי ונדליזם ואירועים פליליים ממשיכים להתרחש בו, ויש חשש שאם לא תובטח השמירה בו יֵרדו לטמיון הכספים והעבודה שהושקעו בו".
המבקר מציין בדבריו כי מדובר בבית עלמין יהודי שגילו כשלושת אלפים שנה, והוא אחד מבתי העלמין החשובים ביותר לעם היהודי מהבחינה הדתית וההיסטורית.
על הרקע ההיסטורי של המקום הוא מציין כי על פי ההערכה, יש בו יותר מ-60,000 קברים בשטח של כ-300 דונם. בתקופת השלטון הירדני (1948-1967) חוללו בו עשרות אלפי קברים, והוא נהרס והושחת. הקבורה היהודית בו פסקה לחלוטין בשנת 1948 וחודשה רק כעבור 19 שנה, לאחר מלחמת ששת הימים. עוד ציין המבקר כי "אף שמספטמבר 1968 קיבלו ממשלות ישראל החלטות בעניין שיקומו, תחזוקתו ואבטחתו וגם עשו פעולות מסוימות בעניין, הטיפול בו התעכב עוד שנים רבות".
באשר לאבטחת הנוכחים במתחם הר הזיתים מציין המבקר כי למרות שמשרד השיכון אמור היה לשמור על השטחים הציבוריים ועל חלקות הקבורה בבית העלמין הוא לא עשה זאת. "למרות הוונדליזם והפעילות הפלילית בבית העלמין לא התרכזה הרשות לפיתוח ירושלים לפני הכול בהסדרת השמירה השוטפת בבית העלמין, אלא פעלה לקידום התכנון והיישום של תכנית הביטחון הכוללת לאזור רכס הר הזיתים ובכלל זה לבית העלמין".
כיון שכך, חושש המבקר כי בהעדר שמירה ואבטחה בבית העלמין השקעה של מיליוני שקלים בפעולות שיקום ופיתוח תרד לטמיון.
בפרק ההמלצות שלו כותב המבקר כי "על ועדת המנכ"לים בראשות מנכ"ל משרד רה"מ לוודא שתוכן תכנית עבודה רב-שנתית לעבודות השיקום והפיתוח של בית העלמין אשר תאפשר לנצל באופן המיטבי את התקציב שהוקצה לצורך כך. יש לקבוע גוף ציבורי שתהיינה לו היכולת והסמכות לטפל בכל העניינים הנוגעים לבית העלמין, גם לאחר שהמדינה תסיים לשקמו ולפתחו".
נקודת אור מוצא המבקר בהחלטותיו של מנכ"ל משרד ראש הממשלה במהלך דצמבר 2009 להקמת מנגנון שיטםפל בסוגיה ויוודא ביצוע החלטות בנושא. "בהחלטתה בדצמבר 2009 בעקבות הביקורת, מינתה הממשלה גופים להסדרת השמירה והאבטחה בבית העלמין; עליהם למלא כנדרש את התפקיד שהוטל עליהם", חותם המבקר פרק זה.