מבקר המדינה קובע כי על אף שבישראל שיעור הלוקים בנפשם בישראל דומה לזה שבמדינות מערביות חלקו היחסי של התקציב לשירותי בריאות הנפש בישראל מסך ההוצאה הציבורית לבריאות נמוך בהשוואה למדינות אלה בכמחצית.
בדו"ח אותו הוא מפרסם היום קובע המבקר כי בעוד שבחלק ממדינות המערב ההקצאה לשירותי בריאות הנפש עומדת על כ-10% מסך ההוצאה הציבורית לבריאות חלקם של שירותי בריאות הנפש בישראל הוא כ-5%.
על חשיבות הטיפול וההשקעיה בתחום זה מזכיר המבקר בדבריו מחקר שערך מכון ברוקדייל בשנת 2007 ולפיו 25% מן האוכלוסייה הבוגרת דיווחו באותה שנה על מצוקה נפשית עימה היה קשה להם להתמודד בעצמם. לפיכך חלקם פנו לחברים או לבני משפחה ומרביתם נעזרו באיש מקצוע. עוד מציין המבקר כי ארגון הבריאות העולמי חוזה כי במהלך שני העשורים הקרובים ילקו מאות מיליוני אנשים בעולם במחלת הדיכאון.
המבקר מצא עוד סדרת ליקויים כמשך ההמתנה לטיפול. הוא קובע כי "אף שזמן המתנה ארוך לטיפול עלול לגרום לנזקים ואף למנוע את הפנייה לקבלת טיפול, הועלה שיש מרפאות ממשלתיות שבהן זמן ההמתנה לטיפול הוא ממושך. היו מקרים של מבוגרים וקטינים שזמן ההמתנה נמשך עד שנה וחצי".
עוד ציין המבקר את היעדרם של נתונים מלאים על כלל טיפולי המרפאות. המבקר הוסיף וציין כי כבר בביקורת הקודמת שערך משרדו הוער כי יש רק מידע חלקי ומצומצם על טיפולי המרפאות הממשלתיות, של קופות החולים ושל הכללית - אפילו לא דיווחים סטטיסטיים.
מבקר המדינה ציין גם את היעדרם של שירותי מרפאות לבריאות הנפש ביישובים מסוימים ואת הצורך לשפרם ביישובים אחרים. "בעשרות יישובים אין שירותי מרפאות למבוגרים ולילדים אף שבחלקם מתגוררים עשרות אלפי תושבים. היעדר השירות בולט ביישובי המגזר הערבי והמגזר החרדי. ביישובים רבים נוספים ניתנו שירותי מרפאות, אך היה צורך דחוף לתגברם".
מהדו"ח עולה עוד כי במהלך השנים האחרונות משרד הבריאות כמעט שלא פעל להוספת מרפאות לבריאות הנפש. בשנת 2005 פרסם המשרד מכרז לאיתור יזמים שיפתחו מרפאות חדשות אך לא הייתה היענות מצד ספקים למכרז, והשירותים לא תוגברו. רק בספטמבר 2009 (לאחר סיום הביקורת) פרסם המשרד מכרז נוסף, ובינואר 2010 נקבעו הזוכים בו.
באשר למצבם הפיזי של מבני המרפאות לבריאות הנפש והנגישות אליהם מציין מבקר המדינה כי במקרים רבים מצבם הפיזי של המבנים חמור אך למשרד אין על כך מידע מלא, ובחלק מן המרפאות אין נגישות למוגבלים אך גם על כך אין למשרד מידע מלא.
מסתבר כי בשנים 2008-2009 קיבל המשרד תקציב מיוחד של 50 מיליון ש"ח כל שנה לצורך תגבור שירותי מרפאות אולם השתמש רק בסכומים קטנים מאוד: בשנת 2008 רק ב-8.1 מיליון ש"ח ובשנת 2009 רק ב-19.6 מיליון ש"ח. ביתרת הסכום השתמש המשרד בעיקר לכיסוי "פערים בתכנית העבודה של השירות לבריאות הנפש".
לליקויים אלה מצרף המבקר סדרה ארוכה של ליקויים מתחום זה: השירותים לסובלים ממצוקה נפשית ולפגועי נפש לא ניתנו בפריסה גיאוגרפית מספיקה, מחסור בכוח אדם בתחום בריאות הנפש במרפאות הממשלתיות,הפסקת שירותי המרפאת בקופת חולים לאומית, כשלים בשיקום נכי הנפש בקהילה, נכי נפש רבים לא מימשו את תכניות השיקום שאושרו להם ומשרד הבריאות לא בחן את הסיבות לכך, היעדר מסגרות שיקום מתאימות לנכי הנפש ועוד.
בפרק ההמלצות קובע המבקר כי על משרד הבריאות לתת מענה לבעיית התורים הממושכים שעלולה לפגוע בבריאותם של הזקוקים לטיפול. על המשרד לבדוק את הסיבות לירידה במספר הפניות החדשות ובמספר המטופלים במרפאות הממשלתיות העשויה להצביע על פגיעה בשירות הניתן לפגועי הנפש. יש גם לשפר את המצב הפיזי של המבנים ולפתור את בעיות הנגישות למוגבלים.
עוד נקבע בדו"ח כי על המשרד "לפעול למיגור או למצער לצמצם את תופעת החולים המאושפזים שלא לצורך או של כאלה השוהים במסגרות שאינן מתאימות למצבם. על משרד הרווחה לשתף פעולה עם משרד הבריאות בעניין פגועי הנפש אשר המענה לבעייתם נמצא במסגרות שבאחריותו כגון: בתי אבות או מסגרות לאוטיסטים באחריות משותפת עם משרד הבריאות".
המבקר הממליץ "לשקול להקדים להעביר את מחלקות האשפוז של ילדים פגועי נפש לבתי חולים כלליים כפי שכבר המליצה הוועדה לקידום מעמד הילד של הכנסת בשנת 2002". לדבריו "צעד זה ראוי הן עקב תנאי האשפוז הירודים בבתי החולים הפסיכיאטריים וכן הוא עשוי לקדם פניות של ילדים פגועי נפש לקבלת טיפול, שנמנעו מקבלתו עד כה בבתי חולים פסיכיאטריים, בשל הסטיגמה הכרוכה בו".