בהתאם להחלטת הדרג המדיני נערכים בצה"ל ובחיל-הים למנוע מאוניות המשט מלהגיע לחופי עזה, תוך שיתאפשר למארגנים ולנוסעים לחזור על עקבותיהם בכל שלב שיחליטו או בטרם ההשתלטות על האוניה.
במסגרת זו הוחלט כי האוניות, באם יצאו לדרכן, יקבלו התראות מסודרות בטווחים שונים בהפלגה. במידה ויחליטו להמשיך את ההפלגה ולא להישמע לאזהרות שיעבירו להם אוניו חיל- הים הם יעצרו, יובאו אל חופי ישראל, יועברו לידי משרד הפנים ורשויות ההגירה ויוחזרו למדינות מהם הגיעו.
מערכת הביטחון תקלוט את מטעני הסיוע לתושבי עזה, באם יהיו כאלה על האוניות, ולאחר בידוק ביטחוני יועברו תכולתם לרצועת עזה.
מפקד חיל-הים, אלוף אליעזר (צ'ייני) מרום, קיים בימים האחרונים תרגול מודל בכל הקשור למעצר, השתלטות על האוניות והבאתן לחופי ישראל תוך שהוא מדגיש כי הכוחות ינקטו בכל הפעולות המתבקשות על-מנת לשמור על חיי החיילים ועל מנת לוודא שאל תוך האוניות לא הסתננו גורמי טרור או אמצעי חבלה. מפקד חיל-הים הנחה את הכוחות לפעול ככל שניתן ברגישות ולא להיגרר לפרובוקציות אך מבלי לפגוע במילוי המשימה. מפקד חיל- הים הוסיף ואמר לאנשיו כי במדינת ישראל לצה"ל ולחיל- הים אין כל כוונה לפגוע באף אחד ממאות האנשים שעלולים להגיע באוניות הללו, אולם יש משימה ברורה שהוטלה על חיל- הים ויש לבצעה.