נשיא המדינה, שמעון פרס, עקב אחרי האירועים במהלך היום והוא קובע, "האחריות לתוצאות הקשות מוטלת על מארגני המשט".
במהלך כל שעות הבוקר והיום עקב נשיא המדינה מקרוב אחר האירועים השונים ועודכן בהתפתחויות על ידי צמרת המערכת המדינית והביטחונית. הנשיא קיים שיחות עבודה ועדכון שוטפות לאורך כל היום עם ראש הממשלה, שר הביטחון והרמטכ"ל.
לברי פרס, "חמאס החליט למנוע שלום בין הפלשתינאים לבין ישראל. ישראל פינתה את עזה. החמאס הפך אותה למרכז ירי נגדה ושיגר למעלה מ-10000 טילים נגד אזרחים ישראלים. הוא רוכש ומבריח אמצעי לחימה וטילים כל העת לעזה דרך הים ודרך מנהרות. חמאס יודע כי הוא יכול לבחור בדרך בה בחרה הרשות הפלשתינאית ולהביא שגשוג וברכה לעמו, אך בכל זאת בחר בטרור".
"ישראל, כמדינה דמוקרטית, המחויבת להגן על תושביה, אינה יכולה להשלים עם הגעתן של סחורות ואניות בלתי בדוקות לעזה. המשט האלים והפרובוקטיבי הוא משט שנועד לתמוך בחמאס ותמיכה זו כמוה תמיכה בדרך הטרור ובסרבנות השלום", הוסיף הנשיא.
פרס מבהיר, כי "ההתנהלות האלימה של נוסעי האנייה "מרמרה" כלפי צה"ל חייבה את החיילים להגן על חייהם. האחריות לתוצאות הקשות מוטלת בראש ובראשונה על מארגני המשט שכל מטרתו היא יצירת פרובוקציה ולא מתן סיוע הומאניטרי . אני מצר על הפגיעות בנפש וקורא לצדדים לנהוג באיפוק".