בלשכת ראש הממשלה מבהירים הערב, כי "מסרים מסוימים שיוחסו באחד מערוצי הטלוויזיה לפמליית ראש הממשלה בקנדה אינם נכונים".
"הדברים שיוחסו הפוכים מן האמת והפוכים מעמדת ראש הממשלה", נאמר בהודעת הלשכה, "ראש הממשלה קיבל הערכות שונות למצבים שונים לפני הפעולה".
בלשכת ראש הממשלה מבקשים להדגיש, כי "רראש הממשלה נותן גיבוי מלא ללוחמי צה"ל ומפקדיהם ואף אמר זאת לרמטכ"ל".
מוקדם יותר הערב צוטטו בתקשורת "גורמים בפמליית ראש הממשלה", לפיהם לא הוצגו לראש הממשלה והשרים חלופות אחרות להשתלטות על הספינות מלבד החלופה שבוצעה ונכשלה.
ראש הממשלה התייחס הערב באופן רשמי לאירועים, ואמר כי "אמש התרחש אירוע קשה, במהלכו נהרגו אנשים, נפצעו אחרים, נפצעו גם חיילי צה"ל שנאלצו להגן על חייהם. האירוע הזה הוא תוצאה של פרובוקציה מכוונת של גורמים שתומכים באיראן ובמובלעת הטרור שלה, החמאס ברצועת עזה. מהמובלעת הזאת חמאס ירה אלפי טילים על מדינת ישראל, והוא מתחמש בעוד אלפי טילים".
נתניהו הוסיף, כי "המדיניות שלנו היא פשוטה. אנחנו אומרים: כל סחורה, כל עזרה הומניטארית לעזה, יכולה להיכנס. מה שאנחנו רוצים למנוע זה את היכולת להכניס אמצעי לחימה – טילים, רקטות, אמצעי דיפון לטילים ולרקטות. זו המדיניות שאנו מפעילים בתקופה האחרונה וגם אתמול אנחנו אמרנו למשט הזה, שלא היה משט תמים, אמרנו להם: 'תביאו את כל הסחורה שלכם לאשדוד. אנחנו נבדוק אותה ונאפשר למה שלא קשור לאמצעי לחימה, או אמצעי מיגון של החמאס, לעבור לעזה'. חמש מתוך שש הספינות בעצם קיבלו את הדין ללא אלימות. הספינה השישית, הגדולה ביותר, שכללה מאות אנשים, שם הייתה כנראה תוכנית מוכנה מראש, על מנת לפגוע בחיילי צה"ל. כשהחיילים הראשונים ירדו אל הספינה הם הותקפו על ידי המון אלים, ונאלצו להגן על חייהם, שם קרו אותם דברים מצערים שראינו".
"המדיניות שלנו תמשיך כמובן להיות מדיניות שאומרת דבר פשוט: אין לנו ויכוח ואין לנו מאבק עם האוכלוסייה בעזה. אנו מעוניינים לאפשר להם חיים סדירים, אנחנו רוצים למנוע כל משבר הומניטארי בעזה, אבל גם יש לנו מאבק עם ארגון החמאס, שמאיים על אזרחי ישראל, שיורה טילים על יישובים ישראליים. מחובתנו להגן על אזרחי ישראל, על יישובי ישראל, לשמור על הביטחון של מדינת ישראל - וכך נמשיך לעשות", ציין נתניהו.