במשרד החוץ מגנים בחריפות את החלטת המועצה לזכויות אדם של האו"ם בג'נווה על שיגור ועדת חקירה בינלאומית לאזור, שתבדוק את נסיבות אירועי המשט לעזה. 32 הצביעו בעד שיגור ועדת החקירה, 9 נמנעו ו-3 מדינות, ארה"ב, נורווגיה ואיטליה התנגדו.
בהצעת ההחלטה שהגישו מדינות ערב מגנה המועצה לזכויות אדם את ישראל בצורה חריפה ביותר, וקובעת כי הפרה את החוק הבינלאומי כאשר השתלטה על הספינות בלב ים. ההחלטה קוראתלישראל להסיר את המצור מעל עזה ולספק מיידית מזון, דלק ותרופות לתושבי הרצועה.
בהצעת ההחלטה שהגישו מדינות ערב מגנה המועצה לזכויות אדם את ישראל בצורה חריפה ביותר, וקובעת כי הפרה את החוק הבינלאומי כאשר השתלטה על הספינות בלב ים. ההחלטה קוראתלישראל להסיר את המצור מעל עזה ולספק מיידית מזון, דלק ותרופות לתושבי הרצועה.
במשרד החוץ מציינים, כי "ישראל מביעה צער על אובדן חיי אדם ונמצאת בקשר שוטף עם נציגי המדינות השונות וארגונים בינלאומי כדי להבטיח שהאזרחים הזרים ישובו מוקדם ככל האפשר למדינתם".
אולם, "ישראל מצרה על החלטת המועצה לזכויות אדם שהתקבלה עוד בטרם הסתיים האירוע. החלטה כזו מצביעה על פוליטיזציה ולא על דאגה אמיתית לזכויות אדם. מארגני המשט בחרו להתעמת באופן אלים עם חיילי צה"ל והתעלמו מנכונותה של ישראל להעביר הסיוע ההומניטארי שבספינות ליעדו דרך מעברי היבשה לעזה".
"ישראל ממשיכה להיות מחויבת לשיתוף פעולה עם האו"ם והקהילה הבינ"ל על מנת להבטיח אספקה סדירה של סיוע הומניטארי. המועצה לזכויות אדם, מאז הקמתה ב- 2006, מתמקדת בישראל באורח אובססיבי וללא כל פרופורציה ואנו מצרים על כך", נמסר בהודעת המשרד.
גם בארה"ב הביעו הסתייגות מההחלטה. דובר מחלקת המדינה האמריקאית, פיליפ קראולי, הדגיש אמש כי ארה"ב מתנגדת להחלטת ממועצת זכויות האדם של האו"ם לשגר ועדה לחקר אירועי המשט. "החלטת המועצה מגנה את הכוחות הישראלים לפני שלישראל או למישהו אחר היתה הזדמנות לבדוק את העובדות כמו שצריך", אמר דובר משרד החוץ, פיליפ קראולי. "זו הסיבה שהצבענו נגד. חשבנו שזה לא ראוי, ושמדובר בשיפוט פזיז".=