השר לשעבר פרופ' אמנון רובינשטיין סירב לעמוד בראש ועדת בדיקה לחקירת אירועי המשט לעזה. בראיון לגלי צה"ל סיפר, כי המינוי הוצע לו על ידי גורם פוליטי.
"ועדת חקירה כזאת צריכה לקום בצורה רשמית על ידי נשיאת בית המשפט העליון, עם סמכות לחקור עדים גם מקרב חיילי צה"ל, רק מסקנות של ועדה כזאת יתקבלו על ידי הידידות שלנו בעולם", הסביר רובינשטיין את סירובו.
עם כניסתם לישיבת הממשלה התייחסו כמה מהשרים לשאלת החקירה הנחוצה ואופייה. שר האוצר, ד"ר יובל שטייניץ (ליכוד), ציין כי "אין שום צורך בועדת חקירה בינלאומית, הפורום המתאים לבדיקה הוא ועדת החוץ והביטחון של הכנסת ולפחות חלק מהגורמים הבינלאומיים ידעו להעריך חקירה שכזו".
שר המדע והטכנולוגיה, פרופ' דניאל הרשקוביץ (הבית היהודי), הביע תמיכה בועדת חקירה, אולם ועדה ישראלית ולא בינלאומית, "צירוף של הטורקים לועדת החקירה איננו הגיונית, הטורקים לא מילאו תפקיד נייטרלי באירועים".
לעומתם, שר הרווחה יצחק הרצוג (עבודה), הבדיקה צריכה לאפשר לישראל מרחב תמרון מול הקהילה הבינלאומית ומועצת הביטחון, "ישראל מעולם לא התחמקה מחקירות ובדיקות".
השר אבישי ברוורמן, אף הוא ממפלגת העבודה, סבור כי "ברור שתהיה ועדת חקירה וברור שיהיו בה אלמנטים בינלאומיים". עם זאת ציין ברוורמן כי ההחלטות הסופיות טרם נפלו.