חבר הכנסת אורי אריאל (האיחוד הלאומי) מסר "הרב אליהו היה מעמודי התווך של הציונות הדתית וחסרונו יורגש בכל שדרות העם. אנו נמשיך ללכת לאור תורת ארץ ישראל שלימד אותנו, ואני שולח תנחומים מעומק הלב למשפחת הרב ולתלמידיו הרבים".
השר דניאל הרשקוביץ (הבית היהודי): "זו אבידה גדולה לעם היהודי, והיום הסתלק מעמנו אחד ממנהיגיה".
יו"ר הקואליציה, ח"כ זאב אלקין, אמר כי "הרב אליהו היה מנהיג רוחני, איש של אמת שתרם רבות לחיי הדת והרוח במדינת ישראל. הוא היה הדמות הבולטת במאבק למען ארץ ישראל וההתיישבות היהודית ביהודה ושומרון".
יו"ר הכנסת ראובן ריבלין, מביע צער על פטירת הרב אליהו זצ"ל, "היה מאותם יחידי סגולה, שתורתם היה כעמוד אש לרבים, ידענותו, חריפותו בקיאותו בנועם הליכותיו, הפכו אותו לאישיות רוחנית יוצאת דופן, שרבבות שיחרו לפתחה. הרב אליהו היה מעמודי התווך".
"הרב אליהו היה מאותם יחידי סגולה, שתורתם היה כעמוד אש לרבים ידענותו, חריפותו, בקיאותו, ונועם הליכותיו, הפכו אותו לאישיות רוחנית יוצאת דופן, שרבבות שיחרו לפתיחה. הרב אליהו היה מעמודי התווך של הציונות הדתית בדור בדור הזה. מעמדו המיוחד ומנהיגותו הבלתי מעורערת בקרב חוגים רבים, מותירים כעת, אחרי לכתו, חלל גדול. הרב אליהו יזכר כמי שהטביע חותם רוחני עמוק, על רבדים רחבים של הציבוריות הישראלית".
מועצת חכמי התורה, תנועת ש"ס, רבניה, ונציגי הציבור בכל ערי הארץ, אבלים וכואבים על פטירתו של הגאון הגדול פה מפיק מרגליות מזכה הרבים אשר העמיד תלמידים הרבה, הרב מרדכי אליהו זצ"ל הראשון לציון והרב הראשי לישראל ויהי רצון שיבולע המוות לנצח ומחה ה' דמעה מעל כל פנים. וכל בית ישראל יבכו את השריפה אשר שרף ה', לשון הודעת תנועת ש"ס.
ראשון במעלה של הציונות הדתית, חסיד נאמן של עמנו אשר שילב דברי תורה אבחנות חדות ועצות חכמות".
תא"ל במיל והשר לשעבר אפי איתם הביע צער כבד, "הרב אליהו שילב יכולת נדירה של גאונות ובקיאות הלכתית עם היכולת לקרב כל אדם בפשטות ובאהבה.הרב היווה מגדלור עבור מאות אלפים במשך שנים רבות. הרב תמך,עודד וחיזק אותי במהלך כל תקופת שירותי הצבאי גם ברגעים קשים של אובדן לוחמים ופקודים, בהמשך הרב ליווה והנחה אותי ברגעים המכריעים של פעילותי הציבורית בממשלה ובכנסת.אבד לעם ישראל מנהיג דגול".
הרב רחמים נסימי, ראש רשת שעלי תורה, אמר לפני זמן קצר כי "הגרעינים התורניים איבדו היום את המנהיג בה"א הידיעה של הגרעינים".
"הרב היה הדוחף לצאת ולהשפיע על עם ישראל. לא פעם ולא פעמיים באה משפחה להתייעץ עם הרב ובמוקד עמד חינוך הילדים והרב נתן את ברכתו למשפחה ועודד אותה לצאת לערים לצאת ולהפיץ תורה ! הרב חזר ודיבר על החשיבות של הרבצת תורה ושבזכות הרבצת התורה לרבים נזכה לנחול את הארץ! קהילות רבות בישראל אבדו את המנהיג שלהם! אנו מתפללים לקב"ה שישלח תנחומים לכל ישראל וביחוד למשפחת הרב ולממשיך דרכו בנו הרב שמואל אליהו שליט"א".
הרב שלום דב וולפא יו"ר תנועת 'ארץ ישראל שלנו' הוציא הודעת אבל מיוחדת בעקבות פטירתו של הראשון לציון הרב מרדכי אליהו: אבד אחד מגדולי המנהיגים של עם ישראל מי שלחם בעוז למען שלמותה של ארץ ישראל, ואהבת ישראל פיעמה בו. קשה סילוקם של צדיקים כשריפת בית אלוקינו, ומי יתן לנו תמורתו. על כל נאמני תורת ישראל וארץ ישראל להתחזק בעת הזאת ולהמשיך את דרכו, ומכאן אנו מביעים את תנחומינו לבנו ממשיך דרכו הרב שמואל אליהו שליט"א שימשיך בדרכי אביו זצ"ל.