הראשון לציון הרב אליהו בקשי דורון שליט"א בראיון מיוחד מספיד את הרב אליהו, "מי כמוני יודע מה גודל האבידה לרבנות מי כמוני יודע כמה חסרה מנהיגותו וחבל על דאבדין ולא משתכחין והוא שנמצא למעלה יגן על הרבנות שלנו. תורתו היא מהדברים המפורסמים הוא היה קרוב לשלושים שנה ארבעים שנה בדיינות עד שהגיע לנשיא אבות בתי הדין והוא ביסס את מערכת הדיינות בארץ".
לדבריו חשוב שמוסד הרבנות הראשית יקבל חיזוק כי הרב אליהו הותיר אחריו חלל גדול, "בנושא של הרבנות הראשית כמי שבא אחריו בתפקיד, מי כמוני יודע להעריך את מה שהרב אליהו והרב שפירא עשו כרבנים ראשיים, איך שהרב אליהו היה קשור אפילו לרבנים מהתפוצות הוא בעצמו היה עונה לטלפונים זה חסר ויחסר וחבל על דאבדין".
הרב בקשי דורון אומר שאין ספק שמדובר באבידה אמיתית לציונות הדתית, "הוא היה שר וגדול, איש מורם מעם שידע להנהיג והנהיג, היום אין למי לפנות אפשר לראות דמויות של אנשים שמרגישים שחסר להם המנהיג ובעיקר במקרה של הרב אליהו שכרב ראשי לישראל הוא היה מנהיג הציונות הדתית, מי שצריך הכי הרבה את ההנהגה זה הציונות הדתית כי שאר הפלגים ביהדות יש להם את הדרך שלהם ולא צריכים את הרבנות הראשית אבל מי שצריך את המוסד הזה זה הציונות הדתית, וזה הוקם בתקופתו והם שניהם נתנו את התוקף לתפקיד לכן צריכים למצוא את הפתרון לזה גם היום".
הרב בקשי דורון רואה בקבורתו של הרב ליד החיד"א סגירת מעגל, "אני זוכר את התקופה הזאת שהעלו את עצמותיו של החיד"א, מי שיזם את זה היה הרב ניסים והרב בניהו בנו, שהיה גם החוקר של תורתו של החיד"א ויחד עם הרב ניסים הם רצו להביא אותו מאיטליה, אני זוכר את הלוויה, הרב אליהו הוא זה שעשה את הדרך הוא למעשה זה שטיהר במו ידיו את הרב החיד"א, הכול נעשה על פיו של הרב מרדכי אליהו, ויש שמועות שהוא ראה אותו בשלמותו,הוא גם כן היה ידוע בטיפול שלו בכבוד המת ובחברה קדישא, הוא היה בפועל רוחץ את המת וכשנפטר הרב עטייה בתור בחור נדחקתי כשעשו את הרחצה ועשו את זה הרב מרדכי אליהו והרב בן אבו.
הוא תמיד היה מורה הוראות לחברה קדישא ולא פלא שגם אצל הרב החיד"א הוא זה שטיהר אותו, מגיע לו שהוא קבור לידו".
לדבריו הידע של הרב בקבלה ובנסתר היה מהמפורסמות, "מנסתרות נקני, הרב מרדכי אליהו היה בנו של הרב חכם סלמן אליהו שהיה תלמיד מובהק של הרב הבן איש חי שהיה גדול בקבלה לצד ההלכה ולא פלא שבן של הרב סלמן מתעסק בקבלה, גדולתו של הרב, שחכמת הנסתר כשמה כן היא, לא כדרך הרבנים של היום שחכמות הנסתר הם בחוץ, הוא היה מקובל ידענו שהתעסק בזה אבל התעסק בזה בשקט ואולי מפעם לפעם היה רומז רמזים.ושזכותו תגן עלינו".