ראש הממשלה, בנימין נתניהו, אמר בצהרים (שני) בישיבת סיעת הליכוד ההחלטה על הקמת ועדת חקירה למשט התקבלה בתוך מאבק קשה כנגד מדינת ישראל.
רה"מ אמר כי "לפני שעה קלה החליטה הממשלה פה אחד להקים ועדה ציבורית בלתי תלויה, לבדיקת אירוע המשט לעזה, זה איננו מקרה חד פעמי. אנו בתוך מאבק קשה ומתמשך כנגד מדינת ישראל. את נחשול הספינה הזה מובילים ערביי ישראל בעולם, הם מנסים ללפות בצבט ברזל של טילים וטרור. הם מנסים לשלול מאיתנו את הזכות להגנה עצמית, את זכותה של מדינת ישראל להגן על עצמה, ואת זכותם של חילי צה"ל להגן על חייהם בפרט".
"החלטנו על הקמת ועדת חקירה קודם כל כדי לתת מענה לגורמים בקהילה הבינלאומית, לא כי זו התשובה האידיאלית, אלא מפני
שהחלופות האחרות פחות טובות. לכן גם עמדתי על כך שחילי צה"ל לא יעידו בפני הועדה, כדי שהתחקיר הצה"לי שכ"כ חשוב לצה"ל לא ייפגע כך נוהגים גם בצבאות של ידידנו בעולם, ואני לא אתן לפגוע בחוסנו של צה"ל וחוסן לוחמינו. נכונו לנו עוד ימים לא קלים, אך הדבר החשוב ביותר שנמשיך לשמור הוא על קור רוח, על בהירות המחשבה, ומעל הכל, על לכידות פנימית", הוסיף.