התחקיר של שייטת 13 בעניין הפשיטה על האונייה "מאבי מרמרה" מצביע על ליקויים בהיערכות לפעולה, בעיקר בתחום המודיעין, ועל פגמים בדרך הפעלת הכוח.
בקול ישראל דווח כי התחקיר קובע כי לא הובאה בחשבון התקפה המונית על הלוחמים וכי אלה פעלו נכון במצב שנוצר. במהלך התחקיר העלו הלוחמים שאלו רבות, ובעיקר מדוע כוח התצפית לא זיהה את ההיערכות של עשרות הפעילים לתקוף את הפושטים. בין השאר נאמר כי הפשיטה על הסיפון הייתה צריכה להיעשות לאחר שימוש בזרנוקי מים וברימוני גז.
"הלוחמים רצו לעלות במדי א' לסיפון, הם ציפו רק לדיבורים - זו היתה תקלה, אולם הם פעלו נכון", סיפר גורם צבאי שהשתתף בתחקירי חיל הים. "בידי החיילים היו כדורי צבע ואקדח למקרי חירום - אולם החיילים לא ציפו להתקלות", נכתב.
"גם אם היה בידי החיילים נשק חם זה לא היה עוזר, הנחיתה היתה צריכה להיות אחרת. היה צורך בשימוש ברימוני גז וזרנוקי מים והכוח היה צריך לרדת למשטח נקי", נקבע באחד התחקירים.