בצעד נדיר עתרה הסנגוריה הצבאית לבג"ץ נגד רשויות המשפט הצבאיות. השופטים לא התרגשו ודחו את העתירה בשל היותה "תיאורטית".
בסנוגוריה הצבאית ביקשו מבג"ץ להורות לגורמי התביעה הצבאית להימנע מלבקש את מעצרם של חיילים, החשודים או הנאשמים בפלילים, כאשר לא מתקיימת לגביהם אף אחת מעילות המעצר הנוהגות במערכת המשפט הכללית, ולהימנע מלבקש את מעצרם של חיילים מטעמי הרתעת הרבים "עילת המעצר המשמעתית".
בנוסף, ביקשה הסנגוריה מבג"ץ להורות לבתי הדין הצבאיים השונים להימנע מלהורות על מעצרם של חיילים, החשודים או הנאשמים בפלילים, במקום שלא מתקיימת אף אחת מעילות המעצר הנוהגות במערכת המשפט הכללית, ולהימנע מהוראה על מעצרם של חיילים על יסוד עילת המעצר המשמעתית.
בסנגוריה הצבאית טענו, כי "שימוש בעילת מעצר זו ללא הסמכה מפורשת בחוק, נעשה בהיעדר סמכות, וממילא עילת המעצר המשמעתית אינה עומדת במבחנים החוקתיים של תכלית ראויה ומידתיות, ולכן היא פסולה גם לגופה".
הסנגוריה ביקשה לשמוע את העתירה, על אף שהיא "תיאורטית", וזאת משום שמדובר – להשקפתה – בשאלה בעלת השלכות רחבות הנוגעת לזכויות יסוד חוקתיות של חיילים. עוד נטען, כי נוכח אופייה של השאלה – שעניינה מעצר של חשוד או נאשם לפרק זמן קצר – ספק אם ניתן יהיה אי פעם לדון בה בזמן אמת. הסנגוריה אף הביאה דוגמה לעתירות שכאלו, אשר לא הגיעו לדיון לאחר שהתייתרו.
המדינה לא התרגשה מהסברי הסנגוריה, וטענה כי ביסוד העתירה אין בסיס עובדתי המתייחס למקרה קונקרטי של חייל שנעצר מן הטעמים שבהם עוסקת העתירה, ולכן אין להידרש לה. בנוסף נטען כי הסנגוריה אינה יכולה לעתור במקומם של החיילים הנפגעים.
השופטים אסתר חיות, יורם דנציגר ועוזי פוגלמן דחו כאמור את העתירה וקבעו, כי "דין העתירה להידחות על הסף בשל אופייה הכללי. כלל מושרש הוא כי בית משפט זה בשבתו כבית המשפט הגבוה לצדק, אינו דן בעתירות כלליות, שאינן מתייחסות לאירוע מסוים או להחלטה מסוימת".