אריה יצחקי, היסטוריון צבאי המתמחה בחקר מלחמות ישראל, מגיב על חשיפת הפרוטוקולים ממלחמת יום כיפור ואומר שהם רק מעט והנסתר עדיין רב מהגלוי, "אני מכיר את הפרוטוקולים האלה, הם היו גלויים לפני, והדבר הבולט ביותר שעולה מהם הוא, שתורת הביטחון שנוסחה אחרי מלחמת ששת הימים, על ידי, משה דיין, וישראל טל (טליק) הייתה לקויה".
לדבריו, "שניהם פיתחו תורת בטחון בעקבות הניצחון של ששת הימים, כשבפועל התורה הייתה לקויה והלקחים מהמלחמה לא הופקו. כבר בשנת שישים ושבע, כתבתי בדו"ח שנכתב על ידי צוות מטכ"לי, שהקרב בששת הימים ברפיח, היה כשלון אדיר, כל תורת השריון נכשלה שם, המודיעין גם כשל, אבל דיין וטליק חשבו שבגלל שניצחנו אפשר לבנות על בסיס זה תורה ביטחונית, כאילו שאין לישראל סיבה לדאוג ושתהיה התרעה מודיעינית מספקת למלחמה הבאה וגם אם לא נצליח לקבל התרעה מודיעינית, עדיין כוחות הסדיר יוכלו לבלום את האויב עד שיגיעו כוחות המילואים וגם אם יקרה הגרוע מכל, עדיין יש לנו את חיל האוויר שיוכל לעצור את האויב. כל התורה הזאת קרסה בלילה אחד, במלחמת יום כיפור לא היה מודיעין, הסדיר לא הצליח לבלום וחיל האוויר נפגע על ידי טילי נ"מ".
לטענתו, אלפי חיילים שלמו בחייהם, בגלל תורת הביטחון הכושלת של דיין וטליק, "דיין הודה על פי הפרוטוקולים, שהוא לא העריך נכון את האויב ושהוא בנה תורה לא נכונה, אבל הוא הודה רק אחרי שהוא קיבל את הנבוט בראש, הוא הודה שהוא טעה, אבל שלושת אלפים חיילים שילמו על הטעות הזאת בגופם, ואם היינו פועלים בצורה נכונה אז היינו מנצחים".
יצחקי טוען כי הפרוטוקולים חושפים את מה שועדת אגרנט הסתירה, "ועדת אגרנט, ביצעה עבודה חלקית, והיא פטרה את הדרג המדיני, את דיין ואת גולדה מאחריות, דיין היה האשם היחידי, ולפחות את מה שועדת אגרנט לא עשתה, עשה עם ישראל, שטיפל בממשלה של גולדה ודיין והיא אכן נפלה".
יצחקי קובע כי טליק אז, כמו אהוד ברק היום, ידע איך להתחמק מאחריות לכישלונות, "ישראל טל, ידע תמיד להתחמק, הוא נהג כמו רב טפלון, ממש כמו שר הביטחון דהיום, אהוד ברק, שיודע כל הזמן להתחמק מכישלונותיו, טליק השקיע אחר כך את רוב ימיו כדי לשכתב ולתקן את ההיסטוריה, לפחות עכשיו מתחילה להתגלות האמת, אבל רבים אומרים שאין טעם לפרסם את הדברים אחרי שהם מתו".
לדבריו הפרוטוקולים שנחשפו הם רק קצה הקרחון, "זאת רק ההתחלה, יש דברים הרבה יותר חמורים מתחום המודיעין שנחשפו בועדת אגרנט ושחלקם עדיין חסויים, הם יחשפו את הכשל המודיעיני הגדול של מלחמת יום הכיפורים, אני עומד בקרוב לפרסם ספר שבו יחשפו 412 התרעות שהיו למלחמת יום הכיפורים ושלא הועברו לגומרים המוסמכים. הרמטכ"ל דאז, דוד אלעזר, אמר לי, שהוא קיבל את החומרים האלה רק חודש אחרי המלחמה. הביקורת שמתחתי אז על משה דיין, איימה עליו ולכן הוא לא אהב אותי, עבדתי אז במשרד הביטחון והוא איים עלי שהוא יפטר אותי, בסוף לא פוטרתי אל התפטרתי".
יצחקי משוכנע שההיסטוריה משכתבת את עצמה גם היום והטעויות של אז חוזרות על עצמם גם היום, "יש כאן במדינה, מדיניות של השתקה, מדיניות שלא נהוגה באף מדינה דמוקרטית מערבית, לא מפרסמים אפילו חומרים ממלחמת העצמאות בגלל טענות מגוחכות של צנעת הפרט, כאילו זה יפגע במקורות מודיעיניים שכבר מזמן נמצאים מתחת לאדמה. לדעתי אחרי שלושים שנה צריך לפתוח את כל הארכיונים. כי את הלקחים של אז אפשר ליישם גם היום, הערבים נשארו אותם ערבים והאמריקאים אותם אמריקאים. גם הקונספציה כאילו אפשר לזלזל בערבים נותרה בעינה, והמלחמות בין שר הביטחון לרמטכ"ל נמשכות. כשאני שומע את האלוף עמוס ידלין אומר שלאויב יש יכולות אבל אין בשילות ושהסבירות למלחמה נמוכה, בשרי נעשה חידודין חידודין, כי מסתבר שהלקח ממלחמת יום כיפור טרם נלמד, וגם היום אנחנו שבויים באותם קונספציות שנבנו בשנות השבעים. קונספציות שנבנו על יהירות, גאווה, וזלזול באויב, בשעה שאסור לנו לזלזל בהם, כשאני שומע את הערכות המוטעות של גורמי המודיעין היום, תאמין לי שאני לא ישן טוב בלילה, אני מקווה רק שנעבור איכשהו את החורף בשלום".