הפורום המשפטי למען א"י וארגון זכויות האדם ביש"ע הגיב להחליט פרקליט המדינה שלא לבטל הרשעתה של מרגלית הר שפי, "תשובת פרקליט המדינה, כפי שהובאה מפי ראש צוות האכיפה הסלקטיווית על המתנחלים, היא עצמה "מיחזור" של היחס הבלתי הוגן כלפי מרגלית וכלפי ציבור המתיישבים בכלל".
שני הארגונים הוסיפו "זהו אות קלון למערכת שלטון החוק שאינה מסוגלת לביקורת עצמית ואינה ואינה נותנת לעובדות לבלבל אותה. בכך היא ממשיכה להרחיב ולהעצים את הקרע עם ציבור גדול, שבעיניו - למרות החלטת הפרקליטות - מרגלית היא חפה מפשע. החלטה זו מחדדת את הצורך במערכת ביקורת חיצונית של הפרקליטות".
מוקדם יותר דחה פרקליט המדינה, משה לדור, את היוזמה לזכות את מרגלית הר-שפי מהרשעתה באי מניעת רצח ראש הממשלה לשעבר יצחק רבין. "מדובר בבקשה זהה לזו שהוגשה ליועץ המשפטי לממשלה הקודם מזוז, ועל כן לא נמצא כל נימוק חדש המצדיק בחינה מחודשת של עמדת הפרקליט" - נכתב בהחלטת לדור.
בשנת 2007 הפתיע ח"כ עמי אילון, שהמתמודד אז על ראשות מפלגת העבודה, כשאמר בחוג בית כי מרגלית הר-שפי לא ידעה על כוונתו של יגאל עמיר לרצוח את ראש הממשלה לשעבר, יצחק רבין ז"ל.
"הר-שפי לא ידעה שיגאל עמיר רוצה לרצוח את ראש הממשלה. אני יודע את זה מודיעינית, אני הייתי ראש השב"כ. היא שילמה מחיר על הבריחה של המנהיגות החברתית ושל הרבנים שלא שמו קווים אדומים, אותם רבנים שהוציאו דין רודף לא עמדו לדין. אני יודע שהיא לא העלתה על דעתה שהוא יהרוג את ראש הממשלה".