מעבר לשיעורים ולרבנים, תלמידי ישיבות הסדר נחשפים גם לבירוקרטיה לא פשוטה מול הצבא. מי שעוזר ומטפל בעניינים אלו הן לרוב מזכירות הישיבות אשר מדי יום מעדכנות את התלמידים עבור הסטטוס שלהם, זמני חיול, הגיוס לצה"ל, הזכויות והחובות שלהם, ועוד.
פעם בשנה, מתקיים כנס מיוחד מסוגו: כנס מזכירות ישיבות ההסדר. המפגש נועד לדיון ומפגש בין מזכירות הישיבות השונות לבין הנהלת איגוד ישיבות ההסדר. מעבר לכך, האירוע מהווה גם יום גיבוש והוקרה למזכירות ישיבות ההסדר.
השנה, האירוע התקיים בישיבת ההסדר שעלבים, שם פתח בדברי ברכה, ראש הישיבה הרב יחזקאל יעקובסון, אל 50 המשתתפות מכל הישיבות.
לאחר מכן, נשאו דברים מנכ"ל איגוד ישיבות ההסדר, איתן עוזרי, סמנכ"ל ורכז הפרט באיגוד, אליעזר (ליזו) דויטש, ומזכירת האיגוד אילנה לארי. במהלך היום, דנו בסוגיות לוגיסטיות ובעבודה השוטפת בין מזכירות הישיבות לבין איגוד ישיבות ההסדר וכן בנהלים החדשים ועדכונים אחרונים לתלמידים לשנת 2010.
בכנס השתתפו גם נציגי צה"ל וראש מדור ביניש, סגן אייל חברוני, אשר התייחס לסוגיות אלו מנקודת מבטו של הצבא.
לאחר ארוחת צהריים עשירה וטעימה שהוגשה בחדר האוכל של ישיבת שעלבים, יצאו כל המשתתפים לסיור מהנה ב"מיני-ישראל".
איתן עוזרי, מנכ"ל איגוד ישיבות ההסדר, אומר כי "כנס מזכירות תורם רבות לניהול התקין של העבודה בין הישיבות השונות לבין איגוד ישיבות ההסדר במהלך השנה. מעבר לכך, הכנס היווה הזדמנות עבורנו להודות ולהוקיר לעשרות המזכירות אשר תורמות רבות הן לישיבות ההסדר עצמן הן לתלמידיהן".
עוד ציין עוזרי, כי יום העיון תרם והעשיר את הידע של כולם והודה לישיבת שעלבים על האירוח החם והמכובד.