שר המשפטים לשעבר מטעם הליכוד עו"ד משה ניסים סבור שההחלטה לעצור רבנים בגלל הספר תורת המלך הייתה משגה חמור. "שורש העניין הוא בחטא הקדמון שראה בספר תורת המלך כאילו זה נושא להליך פלילי. זה היה משגה חסר תבונה שהוכיח אי הבנה למהותה של ההלכה".
עו"ד ניסים סבור שאם הדמוקרטיה מקדשת את החופש האקדמי על אחת כמה וכמה צריכים לקדש את החופש ההלכתי. "בישראל מקדשים את החופש האקדמי וזה מנוצל לעיתים על ידי פרופסורים לא מעטים, שמשמיעים דברי הסתה וגזענות נגד מדינת ישראל, כאלה שלפעמים משווים אותנו לנאצים וקוראים לעולם האקדמי להטיל חרם על ישראל. על אותם אנשים אף אחד לא מטיל מורא של הליך פלילי. והנה דווקא כשמתפרסם דבר הלכה, שאגב לא קראתי אותו, אבל לפי מה שהתפרסם הוא כולל הנחייה או הוראה לציבור להרוג גויים, אז גם אם אני מסתייג מהדברים למרות שאני אגב לא בטוח שזה מה שכתוב בספר, הרי שלראות את הפרסום של הספר שהוא חוות דעת הלכתית כמשהו פלילי זה לא מתקבל על הדעת, כמו שיש חופש אקדמי צריך חופש הלכתי".
לדבריו, אסור לקיים הליך פלילי נגד חוות דעת הלכתית. "לרב כמו פרופסור יש רשות להביע דעות בנושאים שונים. הספר שיצא לאור וכולל פירוט מתי מותר והאם מותר להרוג נכרי, הוא בגדר חוות דעת הלכתית ואסור שיתקרב אליו הליך פלילי. חוות דעת הלכתית צריכה להיות משוחררת מהליך פלילי. אפשר לכתוב נגד הספר או להתנגד אליו כפי שעשו רבנים אחרים, אבל אין לזה שום נגיעה להליך פלילי".
שר המשפטים לשעבר, בנו של הרב הראשי של ישראל לשעבר הרב יצחק נסים זצ"ל, תמה כיצד משפטנים ואנשים בכירים לא תפסו שהסכמה על ספר תורני אין פרושה הסכמה למה שנכתב בספר. "יש פה אי הבנה יסודית של הרשויות מה זו הסכמה. כל ספר הלכתי יש בו הסכמות מרבנים שונים. אני יודע מידיעה אישית שנותני ההסכמות לא תמיד קוראים את הספר. הם מכירים את הכותב וכותבים הסכמה. לחקור את נותן ההסכמה בחקירה פלילית זה משגה כפול ומכופל. הרב יעקב יוסף כבר אמר שאם ספר הלכה זה נושא פלילי אז צריך לחקור גם את אביו הגאון הדגול הרב עובדיה יוסף שכתב דברים דומים למה שכתב מחבר הספר תורת המלך. זה היה משגה והחלטה חסרת שכל".
ניסים טוען שהרב ליאור היה צריך להגיע לחקירה אבל לא לענות לשאלות. "הרבנים לא היו צריכים לסרב להיפגש עם המשטרה אבל לומר לחוקרים שאם רוצים לחקור אותם אז הם לא יתנו תשובות כין אין שום הוא אמינא פלילית בכתיבת חוות דעת הלכתית, לכן הם לא יתנו תשובות על שאלות עם רקע פלילי".