הדוקטור נרי הורוביץ, ראש "אגורא מדיניות", מי שחיבר את הדו"ח לפיו שילוב דתיים פוגע בחיילות בצבא, מונע מדעות ברורות ומצקות כלפי הציונות הדתית.
בהקלטות מהרצאה שנתן לפני שנתיים שהגיעו לידי גלי צה"ל, נשמע הורוביץ כשהוא אומר כי "יש משהו כמו פונמנטליסטי העולה מן הציונות הדתית, העולה מישיבת הר-המור ואולי גם מישיבת עטרת-כהנים במידה מסויימת".
ביום העיון של האוניברסיטה הפתוחה הוקלט אז הורוביץ כשהוא מוסיף כי "מאוד מסוכן שקבוצה חברתית חושבת שהיא לוקחת את מדינת ישראל על הגב שלה".
"אם נרמז בדפי פרשת שבוע של אחת הישיבות שצריך לנהל דיון פנימי בציונות הדתית לגבי איך בוחרים את הרב הצבאי הבא כדי שיהיה במתכונת מסויימת ולא אחרת, זה מתחיל להיות מסוכן", אמר, "אני מזכיר שבן-גוריון יצא נגד נושאים כאלה, והטביע את האלטלנה".
כזכור בין המלצותיו היותר מעוררות מחלוקת של דוקטור הורוביץ בדו"ח היא שחיילים שלא מוכנים לשמוע שירת נשים לא ישרתו כקצינים בצה"ל.
חבר הכנסת דני דנון החליט בעקבות ההרצאה לפנות לוועדת החוץ והביטחון ולדרוש מהם לערוך דיון מיוחד בנושא - ולגנוז את הדו"ח. "מדוע צה"ל ביקש בכלל מאדם כזה, עם דעות קדומות וקיצוניות, להגיש דו"ח?", תהה, "אסור להתייחס ברצינות לדו"ח העוין הזה, שנועד לפגוע בציונות הדתית. אני מניח שקציני הצבא ידעו להניח את הדו"ח הזה במקום הראוי לו", הדגיש.
מדובר צה"ל נמסר בתגובה כי "לצורך קיום מחקריו, צה"ל נעזר בשורה ארוכה של אנשי אקדמיה ממגוון רחב של תחומים. מבלי להתייחס לחוקר כזה או אחר, השקפת עולם אינה מונעת את העסקתו של איש מחקר בצה"ל".
דוקטור נרי הורוביץ מסר בתגובה: "איני עוסק בפוליטיקה. במהלך השנה האחרונה מטפלים אגף כוח האדם, יועצת הרמטכ"ל לעניני נשים והרב הצבאי הראשי באחת הסוגיות הרגישות בחברה הישראלית ללא מעורבות חיצונית של פוליטיקאים. כאשר יתפרסם הדו"ח יתברר כי דבריו של חבר הכנסת דנון מופרכים".