בית הספר מורשה בפתח תקווה מתמודד בתקופה האחרונה עם תלמידים רבים שמבקשים ללמוד בו בשל הרמה הגבוהה ואיכותו.
בשנת הלימודים האחרונה כבר הגיעו אליו כ-1,200 תלמידים ומשרד החינוך החליט לפצל אותו לשניים. עד כה בנים ובנות למדו יחד בכיתות מעורבות עד כיתה ג’ ומאז בכיתות מופרדות, אך בנים ובנות עדיין לומדים יחד בבית הספר ומשחקים בהפסקות.
העיתון "ישראל היום" מדווח הבוקר כי כאשר הוחלט על החלוקה קיימו ההורים הצבעה ובה נקבע כי בית הספר יחולק לחטיבות בהן יהיו לימודים לפי גיל. עם זאת, משרד החינוך בחר דווקא בחלוקה המגדרית בין בנים לבנות. ההורים, על פי הדיווח בעיתון, דווקא מעדיפים שילדיהם ימשיכו ללכת לבית ספר מעורב לבנים ולבנות.
אחד ההורים שמעוניין שילדיו ילמדו בבית ספר מעורב, אמר כי "במשרד החינוך צריכים לקבל את דעת הרוב, אנחנו רוצים שהילדים ילמדו יחד". אותו הורה הסביר כי “השכונה בה אנו חיים מתרחבת ועומדים להגיע לכאן מאות משפחות. אם יהיו בתי ספר נפרדים, השכונה תתחרד. הרי בית ספר נפרד מושך אוכלוסיה חרדית, בית ספר מעורב ימשוך קהל מגוון מכל מיני שכבות של דתיים". כיום לומדים בבית הספר תלמידים מרקע מסורתי יחד עם תלמידים מרקע חרדי תחת קורת גג אחת. הורי התלמידים טוענים כי גם באגף החינוך העירוני תומכים בעמדתם להשאיר את בית הספר מעורב וכבר בתחילת תהליך הפיצול הובטח להם כי הכרעתם הדמוקרטית תכובד.
ממשרד החינוך נמסר בתגובה כי "מינהל החינוך הדתי במשרד בחן את כל האפשרויות הרלוונטיות כדי לתת מענה ראוי והולם להרחבה של בית הספר. במסגרת בחינת האפשרויות נותרה חלופה אחת, אשר יכולה לתת מענה לכלל האוכלוסייה ולא רק לפלח אחד בתוכה. חלופה זו של הפרדה על בסיס מגדרי תשמר את אופיו המיוחד של בית הספר ואת החזון שלאורו פעל המוסד עד היום".
במשרד החינוך הוסיפו והסבירו כי ההפרדה בין בנים ובנות בגיל צעיר זה "תיצור אחידות בין בתי הספר בכל התחומים אם הלימודי ואם הבלתי פורמאלי".
עוד הסבירו במשרד כי "המינהל לחינוך דתי דוגל ומקדם מדיניות אשר מעניקה מענה רחב למגוןן אוכלוסיית התלמידים הנקלטת בבתי הספר המשתייכים לו, הממלכתיים-דתיים. המינהל עושה כל מאמץ כדי לקלוט באופן מיטבי את כלל תלמידיו ולתת לכל אחת מהאוכלוסיות מענה פרטני התואם לצרכיה".